1893年インド。干ばつに苦しむ農民たちに課せられた厳しい年貢。傲慢な英国人将校は、クリケットで勝てば年貢は免除、負けたら3倍という賭けを持ちかける。

魔法の薬でトビウオとヒトデとクラゲにされてしまった、トビー&ステラ兄妹といとこのジェリー。彼らは人間に戻るため、3人で力を合わせて悪のサカナ帝国に立ち向かう。

ピッピがセッテルグレーン一家の住む街にある自宅「ごたごた荘」に、ペットのチンパンジー「ニルソン氏」、飼っている馬と共に帰って来る。トミーやアンニカと出会う。船を自宅に海育ち、その怪力ぶりとホラ吹きが得意な天衣無縫の自然児である故、いわゆる"お行儀のいい子"でないピッピに振り回される周囲。しかしサーカスを見に行って狼藉者を懲らしめたり、火事の高層アパートから逃げ遅れた子を助け出したりなどの活躍を見せ、根はいい子である事が周囲に理解されるようになる。