Filme de encerramento da série anime Gintama, adaptando os capítulos finais da série mangá escrita por Hideaki Sorachi. O filme cobre os capítulos 699-704 do mangá original, com material original adicionado.
As máquinas estão a preparar o embate decisivo contra os humanos rebeldes e preparam-se para a invasão de Zion. Para muitos, a última esperança é a defesa da cidade até ao último homem. Porém, para Trinity, Morpheus e outros, é em Neo que reside a derradeira oportunidade para a raça humana. Assim, Neo e os tripulantes da nave de Morpheus partem em busca do "Chaveiro", um programa antigo que pode facilitar-lhes o acesso ao centro da Matrix, mas que está prisioneiro de outro programa, o francês Merovingian.
Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo fica preso num local entre a Matrix e a realidade, enquanto Trinity e Morpheus o tentam ajudar a libertar-se no mundo real através da Oráculo. Após obterem sucesso no resgate, o trio divide-se: enquanto Morpheus parte rumo a Zion para ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity vão à cidadela das máquinas para contra-atacar.
Jason Tripitikas é um adolescente americano, fanático por heróis de artes marciais e obcecado por clássicos de Kung Fu. Visita frequentemente uma loja de penhores em Chinatown, à procura de filmes a preços baixos, e numa das vezes faz uma descoberta extraordinária: encontra um bastão igual à arma lendária do sábio guerreiro, o Rei Macaco. O proprietário da loja explica-lhe que o bastão se encontra penhorado desde o tempo em que o seu avô geria a loja, há mais de 100 anos, e que nunca foi reclamado. Durante um assalto inesperado, o proprietário da loja é baleado e confia o bastão a Jason, pedindo-lhe que o devolva ao seu legítimo dono. Com a relíquia na sua posse, o adolescente encontra-se subitamente na China Antiga, onde conhece dois mestres de Kung Fu. Estes, juntam forças não só para ensinar ao jovem artes marciais, como para se lançarem numa perigosa aventura: libertar o Rei Macaco aprisionado há mais de 500 anos.
Khan foi derrotado mas Spock morreu e McCoy parece ter herdado a sua essência viva. Kirk tenta ajudá-los, desafiando a Federação e partindo numa viagem não-autorizada, com o objectivo de devolver a vida ao seu melhor amigo. Mas os Klingons estão à espreita...
Os reformados James Kirk, Montgomery Scott e Pavel Chekov, são convidados a conhecer a U.S.S. Enterprise-B. Mas ao efectuarem um teste de rotina, encontram duas naves presas no Nexus. Descobrem então uma misteriosa faixa de energia e Kirk é projectado para o espaço. Sete décadas mais tarde, o comandante Jean Luc Picard salva um físico de nome Soran, que elabora um meticuloso plano que inclui a destruição da Enterprise. Agora, a única esperança de Picard depende da Nexus e de um lendário comandante do passado.
Jean-Luc Picard e a tripulação da Enterprise são enviados numa missão diplomática rumo ao planeta Romulus. Lá, precisam travar uma rebelião liderada por Shinzou, que ameaça destruir a Terra, bem como enfrentar uma perigosa réplica do próprio capitão Picard.
Marianne Graves é uma advogada que, por casualidade, descobre que Rick Jarmin, o seu noivo que a abandonou no altar e ela julgava estar morto há quinze anos, afinal está vivo. Na verdade, ele aceitara depor contra Eugene Sorenson, um agente corrupto do FBI que era o elemento-chave de um esquema de tráfico de drogas, e entrara para o Programa de Proteção de Testemunhas, passando por diversos empregos e identidades a fim de não ser morto pelos traficantes. Agora, com Sorenson em liberdade, Jarmin e Marianne vão ter de fugir dos traficantes e também da polícia, que acredita que Jarmin matou o seu último patrão.