In Tokyo wird ein LKW mit gefährlicher Fracht entdeckt: Sprengsätze aus Plastiksprengstoff, versteckt in Keksdosen! Möglicherweise war mit der Bombe ein Attentat geplant - doch auf wen hatten die Täter es abgesehen? Conan derweil hat noch ganz andere Probleme: Weil Professor Agasa das Badezimmer nicht reparieren kann, besucht er zusammen mit Ran und Ai ein öffentliches Badehaus. In der Umkleide fällt sein Blick auf einen verdächtigen Mann, der gerade eines der Schließfächer öffnet. Doch bevor er weitere Nachforschungen anstellen kann, rutscht er auf dem nassen Boden aus und verliert das Bewusstsein. Kurz darauf wird Ran und Ai mitgeteilt, dass ein angeblicher Bekannter Conan ins Krankenhaus gefahren habe. Als dann auch noch eine Nachricht von Shinichis Handy versendet wird, ahnt Ai, dass Conan in ernsten Schwierigkeiten steckt...
Als in der Detektei Mori das Telefon klingelt, ahnt niemand, dass damit ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt. Eine verstellte Stimme informiert Kogoro Mori darüber, dass genau um 15:30 Uhr eine versteckte Bombe explodieren wird. Nur wenn der vermeintliche Meisterdetektiv das Rätsel des Anrufers löst, kann eine Katastrophe verhindert werden. Conan, der derweil genau wie die Detective Boys im Fußballfieber ist und live die Mannschaft der Tokyo Spirits anfeuert, findet heraus, dass sich die Bombe im Stadion befinden muss. Der Täter plant, die riesige Anzeigetafel über der vollen Zuschauertribüne in die Luft zu jagen. Und während Conan sein Leben riskiert, um die ahnungslosen Fans zu retten, arbeitet der Täter bereits an seinem bombigen Finale …
Nach einer spektakulären Verfolgungsjagd durch Tokyo scheint Curaçao, Mitglied der Schwarzen Organisation, ihr Gedächtnis verloren zu haben. Zuvor war sie ins Hauptquartier der Sicherheitspolizei eingebrochen, um geheime Daten von Spionen innerhalb der Organisation zu stehlen. Als Conan und seine Freunde im Tôto-Aquarium auf die mysteriöse Fremde ohne Erinnerung treffen, beginnen sie, Nachforschungen anzustellen. Während sich die Detektive Boys mit der schönen Unbekannten vor allem im Vergnügungspark amüsieren und unbedingt mit dem großen Riesenrad fahren wollen, ahnen Conan und Ai schnell, dass die Schwarze Organisation ihre Mitarbeiterin samt geheimer NOC-Liste so schnell wie möglich zurückholen will. Doch damit steht das Schicksal der größten Geheimdienste der Welt auf dem Spiel – und nicht nur die Leben der Spione geraten in Gefahr …
Im Hafen von Maizuru wird ein verdächtiges Schiff entdeckt – vollgepackt mit Bomben. Am selben Ort freuen sich Conan und seine Freunde darauf, an Bord eines AEGIS-Kriegsschiffes zu gehen, um dort einen Tag lang öffentliche Manöver mitzuverfolgen. Der Alltag auf dem Zerstörer gestaltet sich allerdings eher langweilig – bis plötzlich ein seltsames Geräusch zu hören ist und ein unbekanntes Objekt auf dem Radar auftaucht. Conan bemerkt, dass das nicht zum Plan gehört, denn auch einige Gäste und Crewmitglieder verhalten sich verdächtig. Als im Filter des Pumpensystems zudem ein abgetrennter Arm gefunden wird, beginnt Conan mithilfe von Heiji Hattori zu ermitteln. Tatsächlich taucht auch bald die passende Leiche ohne Arm auf. Doch die Zeit zur Aufklärung ist knapp – Japan steuert bereits mit voller Fahrt auf eine nationale Krise zu …
„Ein bestimmtes, weltberühmtes Gemälde sollte bei einer Auktion in einem von reichen Menschen gut besuchten Auktionshaus in New York versteigert werden. Das Kunstwerk war eines von Vincent van Goghs „Sonnenblumen“, ein Meisterwerk, von welchem man lange Zeit dachte, es wäre in Japan zerstört worden. Jirokichi Suzuki schreckt alle anderen Bieter ab, indem er behauptet, es für 300 Millionen Dollar kaufen zu wollen und begründet das Vorhaben mit seinem Plan, alle sieben „Sonnenblumen“-Malereien zu sammeln, die auf der ganzen Welt verteilt sind. Plötzlich taucht Kaito Kid auf! Dieser erklärt Herrn Suzuki den Krieg und gibt an, das Bild um jeden Preis zu stehlen, bevor er verschwindet. Weshalb sollte Kaito Kid so ein Statement von sich geben, wenn er normalerweise nur hinter großen Juwelen her ist?
Die junge Chloe ist nach einem Unfall schwer traumatisiert. Um ins Leben zurückzufinden, nimmt sie an einem speziellen Programm teil, in dem sie mit Hilfe einer künstlichen Intelligenz Stabilität, Ruhe und Selbstvertrauen gewinnen soll. Die KI entwickelt jedoch ein Bewusstsein und hat ihre ganz eigenen Pläne, so dass Chloe bald um ihr Leben fürchten muss!
Der Film spielt zu der Zeit als Shinichi noch ein Schüler war. Seine Klasse plant einen Schulausflug auf einem Boot zu unternehmen. Shinichi lehnt zuerst ab, erhält jedoch noch am gleichen Tag einen Brief von einem Unbekannten. Dieser droht mit einer Entführung auf Wasser und fordert Shinichi auf, ihn zu stoppen. Von der Idee einer Entführung auf einem Boot gereizt, nimmt er die Aufgabe an.