Martin Brody on uus politseiülem Amitys, puhkusesaarel Uus-Inglismaa kandis. Ühel hommikul leitakse rannalt tüdruku surnukeha. Ekspertiis näitab, et tegemist võib olla hairünnakuga. Peale uusi rünnakuid otsustab Brody koos kahe sõbraga ujuv elukas ülesse otsida ja see tappa.

Aastal 2035 mõistis James Cole süüdimatult vabatahtlikult tagasi vabatahtlikud, kes saadeti tagasi, et avastada surmav viirus, mis hävitas peaaegu kogu maakera elanikkonna ja sundis ellujäänud maa-alustesse kogukondadesse. Kuid kui Cole saadetakse ekslikult 1996. aasta asemel 1990. aastasse, arreteeritakse ta ja ta lukustatakse vaimuhaiglasse. Seal kohtub ta psühhiaatri dr Kathryn Railly ja kuulsa viiruseeksperdi poja Jeffrey Goinesega, kellel võib olla salapärase petturirühma - 12 ahvi armee - võti, kes vastutab tapjahaiguse vallandamise eest.

Korealasest pankur Harold (John Cho) ning tema parim sõber - meditsiinikooli pürgiv Kumar (Kal Penn) - ei ole siin ilmas just soositud mehed. Naised neid ei vaata ja kolleegid ei austa. Ühel päeval pilves peaga telekat vaadates näevad nad reklaami White Castle'i hamburgerirestoranist. Nad otsustavad koheselt ette võtta reisi söögikohani, mis, arvestades nende ebakainet olekut, ei saagi niivõrd lihtne olema kui neile endile esialgu paistab.

Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.