魔法の王国《アンダレーシア》のプリンセス、ジゼルは、王子エドワードと運命的に出会って婚約。だが2人の結婚で王位を失うことになるナリッサ女王は実は魔女で、結婚式の日にジゼルをある井戸に突き落としてしまう。ジゼルが着いたのは現実の世界の大都会NY。現実の世界に知り合いがいないジゼルは行くあてもなく困るが、妻と別れた離婚調停専門の弁護士ロバートに偶然救われ、彼とその娘モーガンの自宅に居候することになる。

現代のロンドン。12歳の少年クインは、母が働く地下鉄工事現場に立ち寄った時、そこで永い眠りから覚めた巨大竜“サラマンダー”の姿を目撃する。その後、驚異的な早さで世界中に繁殖したサラマンダーは、人間を喰らい、炎を吐いて何もかも焼き尽くし、人類を滅亡の危機に陥れる。わずかに生き残った人々は都市を捨て荒野に要塞を築き身を潜めて暮らすしかなかった。あれから20年、要塞で仲間と共に飢えと恐怖に苦しむ日々を過ごしていたクインのもとに、ヴァンザン率いるアメリカの義勇軍が現われ、一緒にサラマンダーと対決するよう迫るのだが…。

ジェレミット、キャサリン、メイス、シンデルの親子は母星を離れ宇宙船で飛行中、エンドアという星に不時着。そのうえジェレミットとキャサリンは森でゴラックスという怪物に捕らえられてしまう。あとには幼い兄妹メイスとシンデルが残されるが、幸いエンドアの住人であるイウォークに救われ命拾い。心優しく聡明なイウォークたちは2人に食料や薬を与え、両親がゴラックスに捕らえられた事実まで探り出す。両親の危機を知り、何としても救いに行きたいメイスとシンデル。イウォークたちもその熱意に打たれ危険を承知で同行を決意する。

暴君ガルバトリックス支配下のアラゲイシア帝国。辺境に暮らす少年エラゴンは、ある日森の中で青く光る石を拾う。だがそれはドラゴンの卵で、やがて青い雌ドラゴン・サフィラが誕生する。エラゴンは語り部ブロムからドラゴンとドラゴンライダーがこの国の平和を守っていたという歴史を聞く。一方、ドラゴンの誕生を知った王は刺客である魔物を放つ。魔物に叔父を殺されたエラゴンは、最後のドラゴンライダーとなる使命を負う。