En el seu improvisat laboratori, uns nois utilitzen un descobriment inesperat i el seu enginy per construir la seva pròpia nau espacial i llançar-se en un fantàstic viatge interplanetari.
Dos anys després de derrotar els Decepticons, les vides de Sam i els Autobots han canviat molt. Mentre Sam es prepara per anar a la universitat, els seus amics robots s'han integrat en una força d'elit que captura enemics renegats. Però tot canvia amb l'arribada d'un enemic malvat que, amb un pla enrevessat, planeja un nou alçament dels Decepticons. La humanitat torna a estar en perill, i Sam i els Autobots hauran de formar una vegada més equip per salvar-la.
Quan una bella femella híbrida humana/alienígena (Natasha Henstridge) s'escapa d'un laboratori d'observació, el científic Javier Fich (Ben Kingsley), envia un assassí del govern (Michael Madsen), a un psíquic, a una biòloga i a un antropòleg en la seva recerca. Mentre rastreja a la seva presa per Los Angeles, l'equip descobreix el seu pla; aparellar-se amb homes per produir cries que puguin destruir a la raça humana. Mentre el seu mortal rellotge biològic avança amb rapidesa, Fitch i el seu equip es llancen a una inquietant persecució de què depèn el destí de la humanitat.
Un jove que viatja al cotxe a través de l'estat de Texas recull un autoestopista que no triga a confessar-lo que és un assassí. El jove espantat aconsegueix desfer-se'n pensant que ha passat el perill. Tot i això, el psicòpata continua matant i deixa pistes perquè la policia inculpi el jove conductor.
En un món futurístic, una plaga ha delmat la població convertint els malalts en vampirs. Els que no han estat infectats es defensen com poden de la mateixa per l'expeditiu sistema de liquidar els infectats. Ara ells contraataquen...