Seit Rikka von einem Gridman, einem Superagenten aus einer anderen Dimension, gerettet wurde, hat sich ihr Leben verändert. Sie hat nicht nur immense Kräfte, sondern auch eine geheime Verbindung zu einem schrecklichen Monster. Der Oberschüler Yuta Hibiki kennt Rikkas Macht und beschließt trotzdem, ihr seine Gefühle zu gestehen. Doch dann tauchen neue Gefahren auf und ein weiterer Kampf beginnt.

Die 8-jährige Satsuki und ihre kleine Schwester Mei ziehen mit ihrem Vater, einem Universitätsprofessor, auf das Land. Sie wollen in der Nähe ihrer Mutter sein, die sich in einem nahe gelegenen Krankenhaus von einer schweren Krankheit erholt. Ihr neues Zuhause ist ein altes Bauernhaus, das einige Zeit unbewohnt war. Beim Spielen auf dem Hof entdeckt die kleine Mei eines Tages ein winziges Wesen mit einem Sack, das Eicheln sammelt. Sie folgt ihm in den Wald und klettert durch das Gestrüpp. Plötzlich fällt sie in ein Loch im Stamm eines riesigen Baumes. Am Ende des Loches trifft sie auf den fest schlafenden Totoro, eine riesige fellige Kreatur, die fast so groß ist wie ein kleines Haus. Die Kinder freunden sich schnell mit dem magischen Wesen an und erleben gemeinsam mit ihm viele tolle Abenteuer.

Ein spezieller Recap, der die Kämpfe von Alma und Knight beinhaltet. Außerdem wird die Vergangenheit von Knight mit neuen Animationen beschrieben.

Im Jahre 2029 ist es normal, sich einzelne Körperteile durch künstliche Komponenten ersetzen zu lassen. Diese Bestandteile befähigen die Menschheit, nahezu alle Grenzen des Fleisches und des Geistes zu überwinden. Einige Menschen besitzen gar nur noch eine Biokapsel als Körper, genannt „Shell“, und lediglich ein Rest an ursprünglichen Gehirnzellen definieren den „Ghost“, der Identität und Persönlichkeit eines Individuums erhält. Dies macht die Bedrohung durch einen Computer-Hacker namens „Puppenspieler“ umso akuter, da er in der Lage ist, die Firewalls der „Ghosts“ zu überwinden und sie nach seinen Vorstellungen zu verändern. Majorin Motoko Kusanagi vom japanischen Geheimdienst Sektion 9 ist ebenfalls betroffen und macht sich auf die Jagd nach dem Cyber-Verbrecher.

Im verlassenen, von Blasen und gestörter Schwerkraft heimgesuchten Tokio hat ein talentierter junger Mann eine schicksalhafte Begegnung mit einem mysteriösen Mädchen.

Kakashis Team 7 erhält den Auftrag, Shibuki, den neuen Anführer des Takigakure-Dorfes, zurück in seine Heimat zu begleiten. Eigentlich schon am Ziel erhält Kakashi einen Notruf, der ihn nach Konoha zurückführt, wodurch Naruto, Sasuke und Sakura alleine zurückbleiben, um die Mission zu beenden. Wie der Zufall es will, wird Takigakure just in diesem Augenblick von einer Gruppe abtrünniger Ninjas angegriffen, die es auf das sogenannte Heldenwasser abgesehen haben. Nun ist es an der Zeit zu zeigen, aus welchem Holz die Ninjas aus Konoha geschnitzt sind.

Sumire Suo ist eine begeisterte Fußballspielerin, konnte in der Mittelschule jedoch keine nennenswerten Erfolge verzeichnen. Doch der junge Flügel erhält eines Tages ein merkwürdiges Angebot. Ihre Hauptkonkurrentin, Midori Soshizaki, lädt sie ein, mit ihr im selben Team in der Oberschule zu spielen. Doch sie geht noch weiter und verspricht ihr, dass sie sie »niemals alleine« lassen wird. Wird Sumire das Angebot annehmen?

Die Bewohner des kleinen Kaffs Grovers Bend, das im Mittleren Westen der USA liegt, ahnen nicht, dass ihnen eine große Gefahr aus dem Weltall droht. Dort haben sich die fiesen Critters auf den Weg zur Erde gemacht, nachdem sie aus dem Gefängnis ausgebrochen sind, das auf einem Asteroiden angelegt worden ist. Die außerirdischen Betreiber der Strafanstalt schicken zwar ein paar Kopfgeldjäger hinterher, aber die Critters sind zunächst schneller. In der Nähe von Grovers Bend greifen sie ein Farmhaus an, in dem Jay Brown zusammen mit seiner Frau Helen sowie den Kindern Brad und April lebt. Während sich die Browns der außerirdischen Angreifer erwehren, hat auch die örtliche Polizei unter Führung des Chefs Harvey Wind von den Critters bekommen. Außerdem tauchen die Kopfgeldjäger auf, die die Critters wieder einfangen wollen...

Bibi und Hana unternehmen einen Ausflug durch das magische Königreich. Auf ihrer Reise entdecken sie eine wunderschöne Rose im Garten der Königin. Neugierig, wie die beiden sind, pflücken sie die Blume und bringen sie mit nach Hause. Was sie allerdings nicht wissen: Die Rose ist eine magische Pflanze, die alle Wünsche erfüllen kann. Gute Wünsche lassen die Rose aufblühen und sie nimmt die Farbe weiß an, während sie Wünsche mit bösen Absichten verwelken lässt. Nach einem hitzigen Streit mit ihrer Schwester, wünscht sich Bibi, dass Doremi all ihre magischen Fähigkeiten verliert und sich in eine Ratte verwandelt. Nun müssen Doremi und ihre Freunde versuchen, die alten Zustände wieder herzustellen.

Im Jahr 2022 haben es große Fortschritte im Bereich der Quantencomputer der Menschheit ermöglicht ihren Geist in den Cyberspace zu transferieren. Shiki, die jüngere Stiefschwester von Remu, übersprang ein paar Schulstufen und wechselte schon mit 14 auf eine High School in der Akademikerstadt "Okinotori-island Mega Float City (OMFC)". Eines Tages gesteht Shiki ihrem Bruder in einer Online-Unterhaltung, dass sie sich mittels Nanomaschinen im Gehirn an das Netz anschließen hat lassen, während ihr nunmehr lebloser Körper in einer Nährlösung aufbewahrt wird. Remu akzeptiert ihre Entscheidung, doch kommt es zu einem Server-Unfall, infolgedessen die Geister der User im Cyberspace verloren gehen. Einige Zeit später taucht seine Schwester Shiki vor seiner Tür auf, doch erinnert sie sich an nichts, nicht einmal, ob sie wirklich Shiki ist …