テレビアニメ全25話（一部パートに新規カットあり）と、テレビ未放送話『True End Episode「No One is Alone」』を、約90分の物語に再編集した特別版。国内10か所の映画館で上映イベントとして公開された（この上映はあくまでもイベント扱いであり、劇場版では無い）。
高校二年生の梓川咲太（声：石川界人）は、空と海が輝く街・藤沢に暮らし、先輩であり恋人でもある桜島麻衣（声：瀬戸麻沙美）と心躍るような日々を過ごしている。しかしそんな日常が初恋の相手・牧ノ原翔子（声：水瀬いのり）の出現により一変。何故か中学生の翔子と大人の翔子との二人が存在しており、咲太はやむなく翔子と一緒に住むことになるが、大人翔子に翻弄され麻衣との関係がぎくしゃくしだす。そんな中、中学生翔子が重い病気にかかっていることが判明。咲太の傷跡が疼きはじめる。
異星人・天人（あまんと）の来訪によって開国した別の世界の江戸末期。かつて白夜叉の異名を取る凄腕の攘夷志士だった銀時は、現在では便利屋を営みながら仲間たちと平穏に暮らしていた。そんなある日、銀時は唐突に5年後の世界に連れて行かれる。そこで彼が目にしたものは、自分自身の墓と、奇病により荒廃した江戸の町だった。本来この世界にいない彼は、珍さんと名乗り、なぜか対立する神楽と新八に再会する。
敗戦から十数年。占領軍統治下の混迷を抜け、国際社会への復帰をめざし高度経済成長を続けるもう一つの日本。しかしスラム化した首都での凶悪犯罪が激増。武装する反政府勢力により首都圏治安警察機構との武力衝突が相次いだ。治安の番人として強化服と重火器で完全武装する、“ケルベロス”というその精鋭集団は、ゲリラを徹底的に排除してゆくのだった。
季節外れの雪が降った夏の日。頼まれごとを断れない内気な少年は、いなくなった母親を捜しに来たという気が強い少女に連れられ、ふしぎな旅に出ることに。
近未来。郊外に住むマーティン家は家事用ロボット、NDR114号を購入した。アンドリューと名付けられた彼は、幼いリトル・ミスと友達になり、彼女から人間について学んだ。やがてリトル・ミスは成長し、結婚して子供も生まれたが、アンドリューとの交流は続いていた。いつしか人間のようになりたいと願うようになっていたアンドリューは自由を求めて旅に出た。そして、友人となった発明家のルパートからロボットが人間に近づける可能性を知った。かくしてアンドリューは大切な人となっていたリトル・ミスの孫娘ポーシャと同じように生きたいという切ない想いから、人間になる決心をするのだった。
はるか古代の地球に超科学で栄えていた三つ目族。 医師の犬持のもとで育てられている幼児のような中学生・写楽保介は、三つ目族の直系の子孫である。 額のバンソウコウがはがされて、第３の目が現れた時、超人的頭脳と超能力を発揮するのだ。 写楽と彼のお目付け役の和登さん、雲名警部の３人が、謎の人面鳥を追って乗りこんだ停泊中のボロ船が、何者かの手によって動きだした。 それは、古代遺跡の謎に満ちた南の島での冒険のはじまりだった。
オランダ・アムステルダム上空。多くの宝物を乗せた巨大飛行船で「シャハルタ共和国開国記念レセプションパーティー」が開催された。そこに現れたのは小型飛行船に乗った空賊たち。狙いは巨大飛行船に展示されているある水晶。会場に潜り込んでいたルパンは、お宝を奪うために空賊と争奪戦に。女性空賊・ユティカとのお宝の入ったバッグを奪い合った末、ルパンはバッグごと飛行船から落下してしまう。無事にパリのアジトにたどり着いたルパンだったが、バッグの中身は赤ん坊のラームと空のケースだった。
過去の「感染」よって、正常な機能を失い無秩序に、そして無限に増殖する巨大な階層都市。都市コントロールへのアクセス権を失った人類は、防衛システム「セーフガード」に駆除・抹殺される存在へと成り下がってしまっていた。都市の片隅でかろうじて生き延びていた「電基漁師」の村人たちも、セーフガードの脅威と慢性的な食糧不足により、絶滅寸前の危機に瀕してしまう。少女・づるは、村を救おうと食糧を求め旅に出るが、あっという間に「監視塔」に検知され、セーフガードの一群に襲われる。仲間を殺され、退路を断たれたその時現れたのは、“この世界を正常化する鍵”と言われている「ネット端末遺伝子」を求める探索者・霧亥（キリイ）であった。
フジヨキ台の平凡な高校生・麻中蓬は、ある日の帰り道、「怪獣使い」を名乗る怪しい男・ガウマと出会う。そんな彼らの前に出現する巨大怪獣、そして巨大ロボット〈ダイナゼノン〉！
高校１年生の響裕太は、ある日、目覚めると記憶喪失になっていた。そして裕太は古いパソコンの画面に映るハイパーエージェント“グリッドマン”と出会う。
ネオ・ブリタニアに占領された日本。傭兵のロゼとアッシュの兄弟は日本人の抵抗勢力の要請を受け、戦いに身を投じていく。しかし弟ロゼにはある秘密があった。