筒井康隆の小説『時をかける少女』が原作であるが、原作の物語の映画化ではなく、原作の出来事から約20年後を舞台に次世代の登場人物が繰り広げる物語を描く続編である。

空想好きのサラは、女優を夢見る15歳の少女。ある土曜、両親が連れ立って外出し、彼女はまだ赤ん坊の弟トビーの世話を頼まれる。ぐずるトビーに、サラが愛読書の「ザ・ラビリンス〈迷宮〉」を読んで聞かせると、なんとトビーの部屋の片隅から突然黒い影が動き出し、“迷宮”の魔王ジャレスが現われる。ジャレスはトビーをさらうと姿を消してしまい、サラは後を追って数々の罠が待ち受ける迷宮へと足を踏み入れる。

第二次世界大戦下のイギリス。ペベンシー家の4人の兄妹-ピーター、スーザン、エドマンド、ルーシーは、ロンドンの空襲を逃れて田舎に住むカーク教授に預けられる。古めかしく広大な教授の屋敷は、子供たちにとって最高の探検場所。好奇心旺盛な末っ子のルーシーは、“かくれんぼ”をしているうちに、空き部屋で大きな古い衣装だんすをみつける。見えない力に導かれるかのように衣装だんすに入り、毛皮のコートを押しのけて奥に進むといつしかルーシーは雪に覆われた真夜中の森に立っていた。

ポンゴとパーディタの99匹の子犬たち。その内の一匹、パッチは兄弟にのけものにされ、親にも忘れられ、挙句の果てにはロンドンから農場への引っ越しの日にすら忘れ去られてしまう。 テレビ好きのパッチは、大好きな犬のヒーローのサンダーボルトの番組のオーディション会場へと向かい、遂にサンダーと仲良くなるのだが…。