京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る！

ニューヨーク警官も一目置く、腕利き黒人私立探偵シャフト。ある日、彼は黒人街ハーレムのボス、バンピーから、愛娘マーシーの救出を依頼される。誘拐したのはシャフトの旧友ベンだという。ベンは黒人解放過激グループのボスになっていたのだ。現在のベンを知らないシャフトは、疑心暗鬼のまま操作を開始。ようやくベンの組織の集会所を探し出した時、突然の機関銃掃射を受ける！ベンとともに逃げ延びたシャフト…。彼の執拗な捜査によって、事件は意外な結末へと動き始める。

トーク番組の司会者デイブとアーロンは、朝鮮労働党第一書記・金正恩へのインタビューを許されたことから、中央情報局（CIA）に雇われて彼の暗殺を試みる。二人は金の怒りを買い、金は怒りに任せ、大陸間弾道ミサイルの発射を命じる。だが命令が発せられる前にデイブは戦車でヘリコプターを撃墜して金を殺害し、ミサイル発射を食い止める。二人は北朝鮮軍に偽装した米海軍特殊部隊に救出され、デイブは自分の経験を本に著す。そして北朝鮮はスークの助勢を受けて民主主義国家になる。