ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。

1890年代のニューヨーク。大学教授のアレクサンダーは、ある日、婚約者のエマを暴漢に殺されてしまう。現実をどうしても受け入れられないアレクサンダーは過去に遡ってエマを救い出したいとの一念で、ついにタイムマシンを発明してしまうのだった。しかし、エマの死んだ日に戻ったアレクサンダーはそこで、エマの運命そのものはどうやっても変えようがないことを知る。諦めきれないアレクサンダーはその理由を解き明かすため、今度は一転、未来へ向け時間移動し2030年の世界へと降り立つのだったが……。

ハリウッド最高峰のスタッフが坂口博信監督のもとに集結して完成させた、史上空前のフルCG作品。 西暦2065年の地球。かつて隕石とともに現れた謎の侵略者ファントムの襲来を受け、人類に未曾有の危機が訪れていた。どんな物質も透過して進み、あらゆる武器が効かず、触れただけで命を奪う無敵の存在達に、残った人類はバリアシティに暮らしながら、生命力を兵器に転用し、わずかな抵抗を続けていた。 そんな中、老科学者のシドと女性科学者アキはファントムを無力化させる融和波動を発見、これをもつ8つの生命体を探して人類を救おうとしていた。一方で政府は最終兵器を用い、ファントムの本拠、隕石を叩いて一気に戦争を終結させ地球を守ろうと計画を進めていた。やがて知る驚くべきファントムの正体と生命波動の関係。果たして地球の運命は……。

時は2058年、高度に発展した文明によって地球環境は破壊されてしまった。ジョン・ロビンソン教授（ウィリアム・ハート）とその家族は、人類生存のための新天地の惑星「アルファ・プライム」を調査する使命を帯び、宇宙へと飛び立った。 しかし、その宇宙船に同乗していたスパイ（ゲイリー・オールドマン）の工作によってナビゲーションシステムを破壊され、一家は宇宙空間で迷子になってしまう。