წელი 2035 წელია... ამაზრზენი, განუკურნებელმა ვირუსმა გაანადგურა ხუთი მილიარდი ადამიანი, ანუ მსოფლიოს მოსახლეობის 99%. გადარჩენილები იძულებულნი არიან იცხოვრონ მიწისქვეშეთში. კრიმინალი ჯეიმს კოული ნებაყოფლობით ეწევა სახიფათო მოგზაურობას დროის მანქანაში. მან უნდა დაბრუნდეს დრო, რათა დაეხმაროს მეცნიერებს ამ საშინელი ვირუსის წყაროს პოვნაში და საიდუმლოებით მოცული "თორმეტი მაიმუნის" საიდუმლოს ამოხსნაში.
გენმოდიფიცირებული მაიმუნების რიცხვი, კეისრის მეთაურობით, კვლავ იზრდება, მაგრამ მაიმუნებს ემუქრებიან ადამიანები, რომლებმაც მოახერხეს გადარჩენა ათი წლის წინ საშინელი ეპიდემიის დროს. თავიდან მეტოქეებს შორის მყიფე მშვიდობა დამყარდა, მაგრამ ის ხანმოკლე გამოდის. მაიმუნები და ადამიანები არიან ომის ზღვარზე, რომლის დროსაც გაირკვევა, თუ რომელი მათგანი იმეფებს პლანეტაზე მომავალში.