Evan kjemper med voldsomme traumer etter vonde opplevelser i barndommen, opplevelser som senere er blitt fortrengt. De ligger som et sort hull i hukommelsen hans og dukker stadig opp som tilbakevendende mareritt. I desperasjon søker han trøst og svar i sine dagbøker og oppdager at han har evnen til å bevege seg tilbake i tid. Han returnere til fortiden i et forsøk på å gjenskape historien og for å hindre de grusomme hendelsene i å inntreffe. Men for hver endring han gjør, endres også fremtiden - og ikke nødvendigvis til det bedre.

En 1960-talls hipster-hemmelig agent er brakt ut av nedfrysning for å bekjempe sin største fiende på 1990-tallet, hvor hans sosiale holdninger er tydelig malplassert.

Dr. Evil har vendt tilbake fra en dypfryst tilværelse i verdensrommet og pønsker ut en ny og djevelsk plan for å utslette jorden. Han benytter seg av en nyutviklet tidsmaskin og drar tilbake til 1969 for å stjele draget til sin erkerival Austin Powers. Supersexy Austin, som trekker sin 9mm pistol med mindre hastighet enn sin egen skygge, lar seg ikke stoppe og reiser tilbake til 1969 i en snerten tidsmaskin av tysk merke, forberedt på det meste. Men ikke på å treffe sin like... mann? I CIA's operative agent Felicity Shagwell, en snarsen berte, ram spion og en fantastisk motivasjon når det gjelder å få pusset opp Austins libido.