2029: O agentă guvernamentală cibernetică, maiorul Motoko Kusanagi, și Biroul Intern de Investigații sunt pe urmele „Maestrului Păpușar”, un virus misterios și amenințător de pe computer, capabil să se infiltreze în gazde umane.

Pirații aerului terorizează Marea Adriatică, iar acest pilot italian este singurul suficient de curajos să îi înfrunte. O singură problemă: e jumătate om, jumătate porc.

Un orășel pe malul mării. Sosuke, un băiețel de cinci ani, trăiește sus, pe o stâncă de unde priveliștea asupra mării e fabuloasă. Într-o dimineață, Sosuke o descoperă pe Ponyo, un peștișor de aur cu capul prins într-un borcan de gem. Salvată de băiat, Ponyo devine tot mai fascinată de acesta și nu s-ar mai da dusă, dar Fujimoto, tatăl ei, un vrăjitor ce trăiește pe fundul mării, o forțează să se întoarcă acasă. "Vreau să devin om", țipă Ponyo, iar furia lui Fujimoto nu mai cunoaște margini.