フランスの片田舎。ネズミのレミーは天才的な嗅覚と味覚を持ち、いつの日かシェフになることを夢見ていた。もちろん、それが叶わぬ夢と知りつつ。人間のキッチンにとって、ネズミは最も嫌われる存在だからだ。しかしある日、古巣を追われた家族と逃亡の途中ではぐれてしまったレミーの前に、彼が最も尊敬する亡き天才シェフ、グストーのゴーストが現れる。グストーはレミーを、パリにある自分が経営していたレストランにまで導いた。
まだ氷河が残る太古の北米。ある集落に暮らす3人兄弟の末弟キナイは、村から魚を盗んだ熊を追って、逆に熊に襲われる。長兄シトゥカの助けでキナイは救われるが、代わりにシトゥカは命を落としてしまう。怒ったキナイは熊から命を奪うが、直後、精霊の力で彼は熊の姿に変えられてしまう。キナイは森をあてもなく歩き回り、母とはぐれた子熊コーダと出会う。一方、次男デナヒは熊となったキナイを殺された兄弟の仇だと誤解する。
母親を猟師に殺され、ふくろうのビッグママの計らいによって心優しいトゥード未亡人の家で育てられることになった子ぎつねトッド。ある日、トッドは、近くに住む猟師の家で猟犬の子コッパーに出会い、すぐに仲良しになる。だが、成長したトッドは野生に返されることになり、一方のコッパーも一人前の猟犬として訓練を受けることになった。やがて2匹は森の中で再会を果たすが、もはや彼らは敵同士となっていた。
子ねずみのウィジーときつねのホワイトベリー。ふたりは生まれながらの天敵同士。ある日、不幸な事故にあった２人は「動物の天国」で出くわした。そして、素敵な旅の道すがら、2人は「友情」がすべてを克服できることを発見する。
ニューヨーク・マンハッタンのアパートに、大好きな飼い主ケイティと住むテリア犬のマックス。彼は散歩に行くと見せかけて連れてこられた病院で行動障害の専門医に診てもらうことに。自分に行動障害があると思ってもいなかったマックスは疑問をいだくが、待合室にいた猫が「おかしいのは人間の方」とマックスに話しかけ、飼い主がペットたちの本当の気持ちに気付いていないことを指摘する。
ニューヨークのセントラルパーク動物園。ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは大の仲良し。彼らは安全で快適な動物園の贅沢な暮らしをすっかり満喫していた。しかしある日、外の世界に憧れたマーティがテロリストのペンギンたちと一緒に動物園を脱走、マーティを連れ戻そうと後を追ったアレックスたちともども捕らえられ、ひょんなことから四頭はケニア行きの船に乗せられてしまう。さらに思わぬハプニングで海に投げ出された彼らは、やがてマダガスカル島に漂着。そこで現地の動物たちに迎えられ、生まれて初めて野生の生活に触れた四頭は、次第にそれぞれ本来の習性に目覚めていくのだった。
キュートな外見とは裏腹にエリートスパイとして活躍するペンギンズは秘密の潜入捜査中、かつて動物園で彼らに人気を奪われたことを恨むタコのデーブに誘拐される。デーブが人間の姿をしたオクト博士に姿を変え、世界中のペンギンへの復讐（ふくしゅう）を計画していることを知ったペンギンズは、スパイ軍団「ノース・ウィンド」と手を組み邪悪な陰謀に立ち向かう。
ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。
ハンス・クリスチャン・アンデルセンの古典的な童話が原作。小さなヒロインが、ヒキガエルやモグラ、カブトムシの魔の手から逃れて、理想の恋人であるコーネリアス王子と結ばれるために冒険の旅に出る。
アメリカ西部で農場を営むパールは、借金を理由に土地を奪われそうになります。その状況をなんとかしようと農場のおばさん牛3頭が懸賞金のかかっている牛泥棒を捕まえて、その懸賞金で借金を返せば牧場を取られないと考え始めました。しかし、その懸賞金がかかっているアラメダ・スリムは、なんと歌声によってい牛たちを惑わせ牛を連れ去る技を持っていて、おばさん牛3頭たちも惑わされてしまうから、さあ大変です！
とあるヨーロッパの王国。光に憧れるドブネズミのロスキューロは、城内に忍び込んだ際、女王に振る舞われたスープの中へ落ちてしまい、女王をショック死させ、地下牢へ追放されてしまう。一方、小さく痩せっぽちで、ひときわ耳の大きなハツカネズミのデスペローは、音楽と本を愛し、自由奔放に城内の生活を満喫していた。そんなある日、母親を亡くし悲しみに暮れるピー姫に恋心を抱いたデスぺローも、人間に恋をした罪で地下牢へと追放されてしまう。さらに、ロスキューロは姫の座を夢見る召使のミグと手を組み、ピー姫を誘拐する。それぞれの想いが巡る中、デスペローは、ピー姫の救出に立ち上がる！
チキン・リトルは内気でさえない男の子。空から奇妙なかけらが落ちてくるのを目撃するが、町の人々は彼をウソつき少年としてトラブルメーカー扱い。尊敬する父にも信じてもらえなかったことで、ますます自信を失うリトル。そんな時、彼は再び“空のかけら”を発見。変わり者の仲間たちとかけらの正体を追うリトルは、なんと大きな宇宙船に遭遇。かけらは宇宙船のパネルの一部で、やがて宇宙船団が出現し、町は大騒動に陥る。