Królestwo Orb w wyniku ataku Sojuszu Ziemskiego upadło. Jednak zanim baza wojskowa Orb zostaje zniszczona, wysyła on załogę Archanioła i Kusanagi w kosmos, by tam ostatecznie zakończyli toczącą się od ponad roku wojnę. Główną bronią stają się ocalałe Gundamy Królestwa Orb, a także najnowsze Gundamy: Wolność i Sprawiedliwość. Do załogi przyłącza się Lacus Clone piosenkarka, która wykradła z bazy Haftu statek bojowy. Tymczasem Sojusz Ziemski powołuje załogę statku podobnego do archanioła Dominiona do zniszczenia zdradzieckiego Archanioła. Jednocześnie Sojusz Ziemski stosuje broń jądrową do zniszczenia bazy kosmicznej ZAFT. W wyniku tych działań, ZAFT ujawnia swą broń GENESIS, stację bojową, która jest zdolna do zniszczenia Ziemi. Kira i Athrun wraz z sojusznikami muszą przeciwstawić się siłom Sojuszu Ziemskiego i ZAFT by ocalić ludzkość przed zagładą. Jedynym rozwiązaniem jest zniszczenie Genesis i pokonanie największego wroga; fanatycznego Koordynatora Rau Le Creuset

Rok 1950. Trwa wojna koreańska. Wojskom Korei Północnej udało się już zająć większość półwyspu koreańskiego, w tym miasto Inczon. W tym samym czasie, wojska koalicji ONZ dowodzone przez amerykańskiego generała MacArthura (Liam Neeson) planują dokonać desantu ok. 70 tysięcy żołnierzy. Wytwarza się konflikt, ponieważ nikt nie ufa powodzeniu tej akcji. Ostatecznie w zadaniu specjalnym ma wziąć udział ośmioosobowy oddział szpiegów pod dowództwem kapitana Janga (Jung-Jae Lee), którzy w przebraniach żołnierzy Korei Północnej mają dostać się do miasta Inczon. Cała operacja ma nosić kryptonim Chromite. Czy wszystko pójdzie zgodnie z planem?

Dwaj bracia – policjant z wydziału antynarkotykowego i generał – w końcu odkrywają tożsamość przestępcy, który kilkadziesiąt lat wcześniej zamordował ich rodziców.