Het is nu zeven jaar nadat Simon de Spiral King heeft verslagen. De mensen leven weer bovengronds en leven gelukkig en in vrede. Helaas dreigt er weer gevaar en samen met zijn oude kameraden moet Simon de ruimte in reizen om het universum te beschermen.
Half oktober 1998 wordt Tomoe Enjou aangevallen door pestkoppen van zijn oude school en gered door Shiki Ryougi. Hij vraagt haar hem bij haar thuis te verstoppen en geeft toe dat hij iemand heeft vermoord. Enkele dagen na het incident zijn er nog steeds geen tv uitzendingen over de moord alsof deze niet heeft plaatsgevonden.
Verzamelfilm over afleveringen 10-11 van de Entertainment District-boog en de uitgebreide aflevering 1 van de Swordsmith Village-boog. De gezonde pijler Uzui, Tanjirou en zijn kameraden nemen hun nieuwe missie op zich om tegen de Toenemende Zes te vechten.
Na 'Erased Memories' heeft een nieuwe reeks wrede moorden de aandacht getrokken van zowel Shiki als Daisuke, Mikiya's neef die eerder onderzoek deed naar de moorden. Shiki dwaalt door de steegjes van het winkelgebied, op zoek naar de moordenaar en ontwijkt aanvallen van lokale misdadigers, terwijl Mikiya zich steeds meer zorgen om haar maakt en zijn eigen onderzoek begint dat hem op een pad leidt dat wordt bevolkt door drugsdealers en prostituees .
Terwijl de hele bemanning van Luffy op het strand ligt te rusten, wordt de Going Merry gestolen! Ze achtervolgen de boot op zee en worden gevangen genomen door de gebroeders Burodo, maar worden onmiddellijk aangevallen door de gebroeders Card die Nami ontvoeren. Ze zijn van plan het aan te bieden aan hun leider, Bear King, wiens basis zich op Clock Island bevindt, waar de Going Merry ook zou zijn.
Goku, Gohan, Krillin en Oolongs kampeeruitje wordt wreed verstoord wanneer drie onbekenden hen aanvallen en proberen te vermoorden. Deze drie onbekenden blijken de 'Armor Squadron' te zijn, die door de kwaadaardige Cooler naar de Aarde zijn gestuurd.
Een reeks mysterieuze moorden. Alle slachtoffers zijn op brute wijze vermoord, alle lichamen zijn verminkt, alle misdaden lijken door een student te zijn gepleegd. Kokutou's oom heeft de leiding over het onderzoek, maar naarmate zijn onderzoek vordert, ontdekt hij dat zijn neef dichter bij de moordenaar staat dan het lijkt.
Januari 1999: Leerling magiër Azaka Kokutou, Mikiya's jongere zus, krijgt van haar mentor, Touko Aozaki, de opdracht een bepaald incident te onderzoeken waarbij feeën de herinneringen stelen van studenten op Azaka's school, Reien Academy. Azaka start een onderzoek met de hulp van Shiki.
Een meisje krijgt tegen haar zin in de gave waarmee ze kan zien wanneer mensen sterven. Haar naam is Ryogi Shiki. In het begin accepteert ze haar gave, maar als ze zich dingen begint af te vragen over haar leven valt ze zomaar in coma. Als ze twee jaar later weer bijkomt, ziet ze dat de wereld veranderd is. Eigenlijk is zij degene die veranderd is. Met een glanzend mes jaagt ze op monsters die leven tussen de grens van de normale en van de abnormale wereld in. En al die tijd is ze er bewust van dat er iemand is die haar in de gaten houdt...
Shibuya, Tokio, bruist van het Halloween-seizoen. Er wordt een bruiloft gehouden in Shibuya Hikarie, waar rechercheur Miwako Sato van de Metropolitan Police Department gekleed is in een trouwjurk. Terwijl Conan en de andere genodigden toekijken, stormt er plotseling een aanvaller binnen en raakt rechercheur Wataru Takagi, die Sato probeerde te beschermen, gewond. Takagi overleefde het en de situatie was opgelost, maar in Sato's ogen overlapte het beeld van Magere Hein dat ze had gezien toen rechercheur Matsuda, de man op wie ze verliefd was geweest, drie jaar geleden bij een reeks bomaanslagen was omgekomen, met dat van Takagi.
Korte animatie: Terwijl Ami op het balkon van haar appartement uitrust, denkt ze bij zichzelf na.