統一暦1926年。金髪碧眼の少女ターニャ・フォン・デグレチャフ少佐率いる帝国軍第203航空魔導大隊は、南方大陸での共和国軍残党との戦いに勝利する。凱旋休暇を期待していた彼らだったが、連邦国境付近における大規模動員の兆候が確認され、参謀本部から新たな特命が下る。その頃、連合王国主導の多国籍義勇軍が連邦内部に足を踏み入れる。その中には、父を殺した帝国に対する正義を求めて銃を取った少女メアリー・スー准尉の姿もあった。

迷宮都市オラリオ---『ダンジョン』と通称される壮大な地下迷宮を保有する巨大都市。人と神が共存するこの世界で、少年ベル・クラネルは、女神ヘスティアと出会った。女神と眷属の契りを交わした少年は、英雄への憧憬を胸に抱き、冒険の日々を送っていた。迷宮都市が蒼然と輝く”神月祭”の夜、少年は、選ばれた者にしか抜けないといわれる、伝説の『槍』を引き抜いていしまう。そして、彼の前に現れた一柱の女神。少年に託される新たな冒険。目指すはオラリオから遥か遠く離れた秘境の地。「悲劇のヒロインなんて、どこにもいない。みんなを救って見せる---」 これは、運命に選ばれし少年と、月夜に降り立った女神が紡ぐ、【約束の物語（ファミリア・ミィス）】

光和2年。 世界は再編成された超合集国を中心にまとまり、平和な日々を謳歌していた。 しかし、平和は突如として終わりを告げる。仮面の男・ゼロとして、ナナリーの難民キャンプ慰問に同行したスザクが謎のナイトメアフレームに敗れ、 2人は連れ去られてしまった。 シュナイゼルの密命を受け、戦士の国・ジルクスタン王国に潜入したカレン、ロイド、咲世子はそこで、謎のギアスユーザーに襲われる。 そして、その場には襲撃者に“元嚮主様”と呼ばれる、C.C.が居た。 かつて神聖ブリタニア帝国の大軍すらも打ち破った無敵の王国を舞台に、人々が描く願いは、希望か絶望か。 果たして、ギアスのことを知るジルクスタン王宮の面々と、C.C.の思惑とは——。

ニューヨークの駅構内。不審な行動を見咎められ警察に連行される謎の男プロート。彼は自らを遥か1,000光年彼方のK－PAX星からやって来た異星人だと名乗り精神病院に送られる。プロートの治療に当たるのは精神科のパウエル医師。初めのうちは単なる妄想か虚言と高を括っていたパウエルだったが、その落ち着き払った言動や理路整然とした説明にかすかな疑問を抱き始める。さらに、プロートの存在は他の患者たちにも強い影響を与え、パウエルが治せずにいる患者たちがみるみる回復していく。

さえない人生を送るステファン（ガエル・ガルシア・ベルナル）は父の死をきっかけに、住み慣れたメキシコから母のいるパリへ帰郷する。彼はアパートの隣に引っ越してきたステファニー（シャルロット・ゲンズブール）に恋をするが、なかなか思いを伝えることができず、次第に彼女との関係が成就した夢の世界に逃避するようになる。

幼いころに母を亡くして以来、心を閉ざしがちな真（シン）。彼をずっと見守ってきた、幼なじみの琴梨（コトリ）。高校三年の今、ようやく一歩を踏み出そうとしたふたりの前に突然、もうひとつの日本から、もうひとりの「僕」が現れる──。