Jack, en kronisk søvnløs som er desperat etter å slippe ut av sitt ulidelig kjedelige liv. Da møter han Tyler Durden, en karismatisk såpeselger med en usedvanlig livsfilosofi. Tyler synes at utvikling av en selv er for de svake - det er selvdestruksjon som gjør livet verdt å leve. Ikke lenge etter holder Jack og Tyler på å slå hverandre til plukkfisk på en parkeringsplass, en rensende slåsskamp som gir det ultimate kick. For å introdusere andre menn for de simple gleder ved fysisk vold, danner Jack og Tyler den hemmelige Fight Club som blir voldsomt populær. Men en sjokkerende overraskelse som snur opp ned på alt venter Jack...

Tenk deg at virkeligheten er en drøm - denne tanken forfølger Thomas Anderson (Keanu Reeves). Thomas lever et dobbeltliv. Om dagen er han ansatt i et stort datafirma, om natten er han hackeren Neo, en langer av virtuelle fantasier. Etter en arbeidsøkt i den digitale gråsonen våkner Neo av at noen kontakter ham via dataskjermen. Like etter blir Neo arrestert. Agent Smith ser på den unge dataeksperten som en trussel, og Neo blir enda mer forvirret. Først når han treffer Morpheus (Laurence Fishburne), begynner bildet å bli skapt. Morpheus forklarer Neo hvilken rolle han må spille for å bekjempe "Matrix" - et altomfattende fenomen som angår hele verdens befolkning. Sannheten er mer utspekulert enn noen kan fatte.

Et fantastisk ensemble er samlet i Stanley Kubricks briljante saga om Vietnamkrigen og den brutaliserende prosessen som gjør mennesker til erfarne drapsmenn. Handlingen er barbarisk, historien er ubarmhjertig, og dialogen er full av bitende humor. Fra knallhard grunntrening til stridsmareritt i Hue City.

En kvinne kommer seg ut av et voldelig forhold til et velstående teknologisk geni, men etterpå blir hun forfulgt og plaget av et usynlig vesen.

Meteoritter med fremmede vesener slår plutselig ned på jorden. Trusselen fra disse naboene i verdensrommet blir etterhvert påtrengende, og menneskeheten mobiliserer all sin kraft mot den nye fienden. Med stolte propaganda-filmer verver hæren unge rekrutter direkte fra college, der elevene har benyttet biologitimene til å studere fienden. Johnny Rico og venninnen Carmen lar seg verve til den føderale arméen. Begge er lykkelig uvitende om hva som venter. De blir sendt ut som barske soldater, men møter et overveldende og ukjent helvete... på planeten til de fremmede vesenene.

Neo og lederne av den menneskelige motstanden oppdager at Sentinels holder på å grave vei mot Sion. De beregner at de kanskje bare har 72 timer til angrepet må ta plass, og Neo må derfor returnere tilbake til the Matrix og finne nøkkellageren slik at de kan få tilgang til hovedmaskinen for å sikre menneskelig overlevelse.

Neo. Trinity. Morpheus. De og andre helter står på randen til seier eller tilintetgjørelse i den episke krigen mot maskinene i det overveldende siste kapittelet av Matrix-trilogien. For Neo betyr det å reise dit intet menneske har våget seg – inn i hjertet av Machine City og inn i en verdensomveltende konfrontasjon med det mange ganger sterkere forræderprogrammet Smith.