イタリアの名匠ジュゼッペ・トルナトーレによる、映画史に残る至高の名作。イタリアのシチリアを舞台に、少年と映写技師が映画を通して心を通わせていく様を、感動的な音楽と繊細な人物描写で描き出す。映画監督のサルヴァトーレ（ジャック・ペラン）は、映写技師のアルフレード（フィリップ・ノワレ）という老人が死んだという知らせを受け、故郷のシチリアに帰郷する。

大学時代親友同士だったファランとラージューは、ある日同窓のチャトルから母校に呼び出される。チャトルは二人に、ランチョーというかつての学友の消息がつかめたことを話し、探しに行こうと持ちかけるのだった。 10年前、インド屈指の難関工科大学ICE（Imperial College of Engineering）。それぞれに家庭の期待を受けて入学してきたファランとラージュー、そして自由奔放な天才ランチョーの三人は寮でルームメイトとなる。何をするにも一緒の3人はしばしばバカ騒ぎをやらかし、学長や秀才だったチャトル等から"3 idiots"(三バカ)と呼ばれ目の敵にされていた。 物語は10年前の大学におけるエピソードと現代のランチョーを探す3人の旅を織り交ぜながら、やがてファラン達も知らなかった彼の秘密に迫っていく。

1960年代の保守的な家庭で、5人兄弟の４男として育ったザック。「特別な子」と呼ばれた彼は、軍で働き音楽を愛する父親と過保護気味の母親、それぞれ文武に秀でた兄2人、問題だらけの次男を観察しながら幼少期を過ごす。やがて思春期に足を踏み入れる1970年代。ザックは同性に惹かれ始めた自らのアイデンティティと、男らしくあれという父親の価値観の間でもがくようになる。

ニューヨークに暮らすピアニストのウィリーは、同窓会に出席するため故郷のナイトリッジに久しぶりに戻ってきた。彼はそこで懐かしい幼馴染みたちに出会い、そして彼らもまた、恋人とのことで悩んでいることを知る。彼はある日、隣に住んでいた13歳の少女マーティと知り合った。