Historioitsija Milo Thatch johtaa maailman pätevintä joukkoa arkeologeja ja tutkimusmatkailijoita, jotka nousevat upeaan 300 metriä pitkään sukellusvene Ulyssesiin ja suuntavat syvälle kohti meren arvoituksia. Heidän tavoitteensa on löytää legendaarinen kadonnut Atlantiksen kuningaskunta. Merenalainen löytöretki saa kuitenkin odottamattoman käänteen, kun ryhmän tehtävä täytyy muuttaa uponneen kuningaskunnan löytämisestä sen suojelemiseen. Monien uskollisuus vaihtaa kohdetta yhtä nopeasti kuin merivirrat suuntaa, joten Milon täytyy päättää, keneen voi luottaa ja keneen ei. Sisältää tupakkatuotteita.
Kaikki tutut hahmot - leijona Alex, seepra Marty, kirahvi Melman, virtahepo Gloria, kuningas Julien, Maurice ja pingviinit - palaavat valkokankaalle Madagascar 2:ssa. Tultuaan jätetyksi autiolle Madagascarille newyorkilaiset ovat kehittääneet niin hullun suunnitelman, että se voi jopa toimia. Pingviinit ovat - tavallaan - korjanneet sotilaallisella tarkkuudella vanhan tuhoutuneen lentokoneen. Päästyään ilmaan erikoinen miehistö pysyy taivaalla juuri ja juuri riittävän kauan selviytyäkseen villeistä villeimmästä paikasta, itse Afrikan tasangoista, jossa eläintarhassa kasvaneet sankarimme törmäävät ensimmäistä kertaa oman lajinsa edustajiin. Samalla kun he löytävät juurensa, he tajuavat nopeasti todellisen oikean ja betoniviidakon eron. Kauan kadoksissa olleista sukulaisistaan, kilpakosijoista ja viekkaista metsästäjistä huolimatta Afrikka vaikuttaa huippupaikalta... mutta onko se parempi kuin heidän kotinsa Keskuspuistossa?
Obelix kohtaa suuren rakkautensa - suloisen Mimosan. Mutta valitettavasti Mimosa on jo kihloissa komean Tragikomixin kanssa. Roomalaiset vangitsevat vahingossa Mimosan ja Tragikomixin. Heidät lähetetään muukalaislegioonaan, josta Asterix ja Obelix yrittävät pelastaa heidät. Obelix ei kuitenkaan pysty ottamaan vastaan käskyjä keneltäkään ja Asterix hävittää pienen taikajuomapullonsa - ja niin täydellinen sekasotku on valmis. Loppujen lopuksi sankarimme päätyvät gladiaattorikouluun, jossa he näyttävät suurelle Caesarille oppimansa taidot.
Elämä kukoistaa jälleen Atlantiksessa. Mutta maan päällä tapahtuu outoja asioita, joilla tuntuisi olevan jotain tekemistä tämän merenalaisen kaupungin kanssa. Ennenkuin Atlantis-expertti Milo huomaakaan, joutuvat hän ja Kida vedetyksi mukaan kolmeen seikkailuun, joista ei puutu jännitystä ja vauhtia! Yhdessä ystäviensä kanssa he matkaavat Pohjois-Atlantille jossa hirveä Kraken pitää koko merta kauhun vallassa. Eräässä kalastajakylässä he tapaavat ihmisiä, jotka näyttäisivät tietävän enemmän kuin uskaltavat kertoa...
Raivostunut sadanpäämies pyyhkäistä hullut gallialaiset ja heidän kylänsä maailmankartalta kertaheitolla. Mutta siihen hän tarvitsee taikajuomaa. Roomalaispartio lähettää sieppaamaan tietäjä Akvavitix, mutta legioonalaisten epäonneksi Obelix osuupaikalle. Pelotellakseen roomalaisia hän heittää näitä hiidenkivellä, mutta kivi osuu suoraan Akvavitixin päähän! Sen seurauksena tietäjä menettäämuistinsa ja unohtaa taikajuoman reseptin. Kun roomalaiset seuraavan kerran hyökkäävät, on gallialaisilla pieni ongelma...
Normannien viikinkipäällikkö saa kuulla, että "pelko antaa siivet". Päällikkö tuumii valloitusretkien olevan helpompia, jos hänen soturinsa oppisivat lentämään. Hän perustaakin retkikunnan, jonka tehtävänä on etsiä todellinen pelkuri, joka voisi opettaa normannit pelkäämään. Samaan aikaan gallialaiskylän rauha järkkyy, kun Aladobixin veljenpoika Poppix saapuu kylään. Poppixin isä on lähettänyt poikansa Aladobixin luo, jotta tämä koulisi pojasta miehen. Päällikkö antaa Poppixin kouluttamisen Asterixin ja Obelixin vastuulle, mutta poikaa ei kasvissyöjänä ja pasifistina kiinnosta villisikojen metsästäminen ja roomalaisten kanssa tappeleminen. Sen sijaan hän esittelee kyläläisille viimeisimpiä muoti-ilmiöitä. Pian normannit saapuvat Gallian rannikoille ja sieppaavat Poppixin, sillä olettavat hänen olevan mestaripelkuri. Kun Aladobix saa kuulla tapauksesta, hän lähettää Asterixin ja Obelixin pelastamaan veljenpoikansa.