主角是一对可爱的小丑鱼(Clownfish)父子。父亲玛林和儿子尼莫一直在澳洲外海大堡礁中过着安定而幸福的平静生活。鱼爸爸玛林一直谨小慎微，行事缩手缩脚，虽然已经身为人父，却丝毫不会影响它成为远近闻名的胆小鬼。也正因为这一点，儿子尼莫常常与玛林发生争执，甚至有那么一点瞧不起自己的父亲。直到有一天，一直向往到海洋中冒险的尼莫，游出了他们所居住的珊瑚礁。正当尼莫想要舒展一下小尾巴的时候，一艘渔船毫不留情地将欢天喜地的尼莫捕走，并将它辗转卖到澳洲悉尼湾内的一家牙医诊所。在大堡礁的海底，心爱的儿子突然生死未卜的消息，对于鱼爸爸玛林来说却无异于晴天霹雳。尽管胆小尽管怕事，现在为了救回心爱的孩子，玛林也就只有豁出去了。它决心跟上澳洲洋流，踏上寻找自己儿子的漫漫征程。

　　某天中午，住在闹市区一幢公寓内的奥莉弗（麦姬·海因斯 Margie Hines 配音）殚精竭虑，正准备哄小甜豆睡觉。可是这个小家伙毫无睡意，偏偏对窗户外面的晾衣服绳子感兴趣，甚至胆大妄为想要爬过去。奥莉弗及时制止了他的危险举动，她将小甜豆重新放入婴儿床，并盖上了铁盖子。此时门铃声响起，来者正是奥莉弗的男友大力水手卜派（杰克·梅瑟 Jack Mercer 配音），他为小甜豆带来有趣的玩物——会隐身的魔法小狗吉普（Jeep）。吉普为奥莉弗表演了各种有趣的魔术，当他们进入房间后，却发现小甜豆再度消失。为此，卜派和吉普踏上了寻找淘气小娃娃的有趣征途…… 　　本片为小狗吉普首度登场。

夫妻俩将不遗余力地寻找失踪的女儿的故事，而女儿在家庭露营旅行中失踪了。 当警察没有抓住任何线索时，两人接管。