På grund af radioaktiv stråling muterer fire unge skildpadder, så deres intelligens og størrelse får en ordentlig vitaminindsprøjtning. De tre gutter bor i kloaksystemet under New York, hvor de hyggesnakker og spiser pizza. Under den muterede rotte Splinters kyndige vejledning øver padderne sig kung fu. Det bliver der god brug for, da skurken Shredder kommer på banen!

Andet kapitel af historien om de fire muterede skildpadder, der fra deres skjul i New Yorks kloakker stiger op i dagens lys for at bekæmpe den onde Shredder, som har i sinde at bemægtige sig New York ved hjælp af muterede kæmpe-uhyrer.

Ved et tilfælde bliver April sendt tilbage i tiden til det 17. århundredes Japan. De tre ninjapadder sætter straks efter hende. I det gamle Japan må de 4 gutter overvinde en række samuraier anført af den lede Lord Norinaga inden de kan vende tilbage til kloakkerne under nutidens New York.