يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
امرأة ، تم القبض عليها عن طريق الخطأ في صفقة مظلمة ، تقلب الطاولات على خاطفيها وتتحول إلى محاربة لا ترحم تطورت بما يتجاوز المنطق البشري.
جيري شو وراشيل هولومان غريبان ألقيت حياتهما فجأة في حالة من الاضطراب من قبل امرأة غامضة لم يلتقيا بها من قبل. يهدد المتصل غير المرئي حياته وعائلته ، ويستخدم التكنولوجيا اليومية للتحكم في أفعاله ودفعه إلى خطر متزايد. مع تصاعد الأحداث ، أصبح جيري وراشيل أكثر الهاربين المطلوبين في البلاد ويجب عليهم معرفة ما يحدث لهما.
يقرر أب شراء آلة لمساعدته في شؤون المنزل والعائلة، ولكن سريعًا تكتسب الآلة الوعي وتصبح أداة للقتل؛ فتصبح حياة العائلة برمتها في خطر.
يقوم جاك فوكان ، وكيل التأمين لشركة ROC للروبوتات ، بالتحقيق بشكل روتيني في قضية التلاعب بالروبوت. ما يكتشفه سيكون له عواقب وخيمة على مستقبل البشرية.
تدور أحداث الفيلم في القرن الثاني والعشرين حول عالم يحاول أن يصحح الخطأ الجسيم الذي اقترفه سلفه من قبل، وهو الصندوق الملغز الذي يفتح بوابات الجحيم كافة.