Etter hendelsen kalt "The Second Impact" blir Tokyo-3 angrepet av gigantiske skapninger kalt engler som prøver å utrydde menneskeheten. Gutten Shinji har som mål å bekjempe englene ved å føre en av de mystiske Evangelion mecha-enhetene. En nyinnspilling av de seks første episodene av GAINAXs berømte anime-serie fra 1996. Filmen fikk tittelen "Evangelion: 1.01" for DVD-utgivelsen og "Evangelion: 1.11" for en utgivelse med flere scener.

De var blant de beste soldatene den amerikanske hær noensinne hadde frembrakt. 400 unge menn, utrustet med de mest dødbringende våpen og trent i krigskunstens knep, så selv fingerspissene deres kunne ta liv. Men bare få dager inne i deres første slag, et slag som skulle bli et av de blodigste i USAs historie, er de omringet av tusenvis av usynlige fiender. Og i "Dødens dal" er det bare en mann som står mellom dem og utslettelsen: Oberst Hal Moore. Dette er deres historie.

Zane Ziminski er en radioastronom som finner et rart signal fra ytre verdensrom. Troende at disse signalene kommer fra inntelligent liv, raporterer han dette til sine overordnende. Senere får han sparken. Nå begynner han å undersøke disse signalene på egenhånd, og nå finner han liknende signaler bli sendt fra Mexico. Utålmodig på å finne signalets opprinnelse dra han til Mexico, hvor han avslører en skremmende hemmelighet!