Potem ko je z Newtom in Hicksom pobegnila s tujega planeta, Ripley ponesreči pristane na Fiorini 161, planetu zaporu in gostitelju popravne ustanove. Newt in Hicks ne preživita te nesreče, na žalost pa jo preživi bolj nezaželen obiskovalec. Zapor ne dovoljuje kakršnega koli orožja in ker je pomoč dolgo oddaljena, morajo zaporniki preprosto preživeti na kakršen koli način...
V prvem filmu smo spoznali nesrečnega znanstvenika Setha Brundlea, ki se je zaradi ponesrečenega eksperimenta, pri katerem so se zamešale njegove molekule z molekulami navadne muhe, spremenil v grotesknega mutanta. Usodne napake ga je rešil strel ljubimke Veronice, ki je kasneje v strahu ugotovila, da je noseča. Njun sin Martin zdaj odrašča na kliniki zlobnega industrialista Antona Bartoka, kjer na njem izvajajo najrazličnejše poskuse. Ko Martin spozna privlačno Beth Logan, se vanjo na mah zaljubi. Njegovi hormoni se prebudijo in preobrazba v muho je neizbežna.