ネバダ州にあるグレーム・レイク空軍基地、通称「エリア51」に銭形警部と警官隊、さらに新米女性捜査官エミリー・オブライエンが警備に来ていた。ルパンからの予告状が来たのだ。ルパンの獲物は、ロズウェル事件で墜落したUFOのカケラである「オリジナルメタル」だった。ルパン・次元・五ェ門の3人は銭形らの警備をかいくぐり、まんまとオリジナルメタルを盗み、アメリカ軍が建造したUFOに乗って脱出に成功するが、試作型であった為に墜落してUFOは短時間で壊れた。

ロボットを武器に、平和を守るニンジャとして人知れずかつやくする少年ロイド。仲間と力を合わせ、実の父である悪のブラックガーマドンに勇かんに立ち向かう!

ポール・ラシーンは、日本でのビジネスで名古屋に来ていた。仕事が終わったのちに市内の飲食店でキリナという女性に出会い、2人で市内のビジネスホテルに泊まることに。その後すぐポールはホテルを出るが、ポールがエレベーターに乗った直後、間違えてキリナの部屋の鍵を持ってきてしまったことに気づく。 そこでキリナの部屋に戻り、こっそり鍵を返そうとドアを開けると、なんと部屋の中には忍者が数人いて、刀をキリナに向けている。ポールはすぐにフロントへ電話をかけ、キリナを助けようとするが、刀を持っていた忍者に妨害をされ、病院送りとなってしまう。 その後ポールは、度々忍者達に命を狙われることに...。