Takezo, rebaptisé Musashi Miyamoto, est devenu un samouraï hors pair. Depuis des années, il parcourt le pays au gré de ses affrontements dont il sort toujours vainqueur. Le voici désormais à Kyoto pour combattre maître Yoshioka. Dans la grande ville, il retrouve ses deux soupirantes : la vertueuse Otsu, ancienne fiancée de Matahachi, et la jeune Akemi, également courtisée par Yoshioka. Alors que l’affrontement entre les deux hommes est sans cesse repoussé, la violence autour de Musashi ne fait que croître...

Musashi renonce à combattre les jeunes samouraïs désireux de se mesurer à lui pour se faire un nom. Il accepte néanmoins un dernier combat mais avant se retire dans un endroit isolé afin d'y méditer. Il sait que ce combat sera le dernier, et qu'il atteindra l'illumination...

L'an 1600. Le Japon sort de plusieurs décennies de guerre civile. Takezo, jeune soldat en déroute, est un combattant féroce. Poursuivi par les autorités, il est recueilli et éduqué de force par un moine bouddhiste, Takuan Soho. Il deviendra un véritable samouraï sous le nom de Miyamoto Musashi...