소호쿠 고등학교 사이클부에 입단 후 새로운 재능과 꿈을 발견하게 된 오노다. 팀원들의 뜨거운 응원과 도움으로 전국체전에서 승리의 주역이 되며 신입임에도 불구하고 소호쿠의 새로운 에이스로 떠오르게 된다. 소호쿠 팀은 로드 바이크 레이스 중에서도 가장 고난도 레이스로 손꼽히는 구마모토 불의 나라 산맥 레이스에 출전, 라이벌이자 랭킹 1위의 하코네 고등학교를 비롯 쟁쟁한 경쟁팀들과 우승을 향한 본격적인 대결을 시작한다. 하지만, 정신적 지주였던 마키시마 선배의 갑작스러운 탈퇴 소식 실망한 오노다는 경기 도중 결정적 실수를 하게 되고 소호쿠 팀은 최악의 위기에 빠지게 되는데… 소호쿠 팀은 위기를 극복하고 최고의 로드 바이크 팀의 명성을 되찾을 수 있을까?
지구연방군 이오 플레밍과의 싸움을 제압한 지온공국군의 데릴 로렌츠는 빼앗긴 사이코 자쿠의 정보를 찾기 위해 투쟁을 계속하는 지온잔당군의 일원이 되어 지구에서 첩보활동을 벌이고 있었다. 한편 이오는 새로운 동료와 함께 ‘썬더볼트 작전’에 참가하게 되고, 그러던 이오의 앞에 남양동맹의 국경 수비대 대장을 자처하는 클로디아 페일 중령이 나타난다. 이윽고 갈등은 지온잔당군, 지구연방군, 남양동맹까지 겹치면서 세 진영의 모빌슈트전으로 발전한다.