Alessandria d'Egitto. Seconda metà del IV secolo dopo Cristo. La città in cui convivono cristiani, pagani ed ebrei è anche un vivo centro di ricerca scientifica. Vi spicca, per acume e spirito di indagine, la giovane Ipazia, figlia del filosofo e geometra Teone. Ipazia tiene anche una scuola in cui l'allievo Oreste cerca di attirare la sua attenzione. C'è però anche un giovane schiavo, Davus, attratto dalla sua bellezza e dalla sua cultura. Col trascorrere degli anni la tensione tra gli aderenti alle diverse religioni diviene sempre più palese e finisce col divampare vedendo il prevalere dei cristiani i quali godono ormai della compiacenza di Roma (anche se non di quella di Oreste divenuto prefetto). Guidati dal vescovo Cirillo e avvalendosi del braccio armato costituito dai fanatici monaci parabalani, i cristiani riescono ad annullare la presenza delle altre forme di religione e intendono regolare i conti con il pensiero che oggi definiremmo 'laico' di Ipazia.
La Terra soccombe sotto l'attacco degli Umanoidi. Quando Capitan Harlock torna sulla Terra trova città in rovina e abitanti ridotti in schiavitù. Insieme a pochi altri valorosi ribelli inizierà la lotta per la libertà.
Il film è incentrato su Rose Elliot, giovane poetessa newyorkese, che acquista un antico libro intitolato "Le Tre Madri", scritto da Emilio Varelli, architetto alchimista di cui si sono perse le tracce. Il libro racconta che Varelli ha conosciuto le tre madri degli Inferi: Mater Suspiriorum, la Madre dei Sospiri, Mater Lacrimarum, la Madre delle Lacrime e Mater Tenebrarum, la Madre delle Tenebre e per loro ha costruito tre case: una a Friburgo, una a Roma e una a New York.
Un giovane con l'auto in panne trova ospitalità in una fattoria. Non tarda ad accorgersi di strani fenomeni.
Il giovane notaio Kovaks riceve dal dottor Jeronimus Hauff una missiva che lo invita a raggiungerlo nella sua villa per la stesura del suo testamento. Lui vi si reca ma scopre con suo grande stupore che l'uomo è morto da oltre un anno. Clio, la moglie di Jeronimus, ritiene che si tratti di uno scherzo di cattivo giusto ma Corinna, la sua figliastra, è portata a spiegare il fatto facendo riferimento ai poteri soprannaturali del padre, che era un'occultista. I fatti seguenti sembrano dare ragione a Corinna: Kovaks finirà infatti per trovarsi suo malgrado coinvolto in una serie di eventi agghiaccianti e di morti stranissime. E finalmente emergerà la verità che si nasconde dietro quella lettera e dietro la morte di Hauff.
Un'inquietante leggenda urbana sembra trovare conferme in una casa abbandonata presumibilmente abitata da una vendicativa strega, che rapisce bambini. Quando vi entra una notte, la tormentata adolescente Chloe non ha idea dell'orrore che scatenerà. In fuga dalla madre, una tossicodipendente che ha stravolto la sua vita per divenire una famosa artista, Chloe dovrà imparare a fidarsi della donna per difendersi e sopravvivere.
1350. All'inizio della guerra dei Cent'anni, il nobile francese François de Cortemart viene fatto prigioniero dagli inglesi. Dopo una lunga assenza, torna finalmente, assieme al figlio Arnaud, al suo castello dove da anni li attende trepidante la devota e affezionata Beatrice, figlia del nobile. Ma il condottiero e' tornato trasformato dal conflitto; e' diventato un uomo crudele e spietato, praticamente folle: abusa della figlia e denigra il figlio finche' Be'atrice non decidera' di vendicarsi uccidendolo con una pugnalata.