Généticien de génie, le professeur John Hammond a recréé de nombreuses espèces de dinosaures à partir d'une goutte de sang prélevée sur un moustique fossilisé. Démiurge naïf et généreux, dépassé par ses propres ambitions, il projette d’ouvrir un gigantesque et terrifiant parc d'attractions. Mais la pureté de son rêve se heurte à la cupidité des hommes et, plus grave, à la violence latente, indomptable de la Nature.

Quatre ans après le terrible fiasco de son Jurassic Park, le milliardaire John Hammond rappelle le Dr Ian Malcolm pour l'informer de son nouveau projet. Sur une île déserte, voisine du parc, vivent en liberté des centaines de dinosaures de toutes tailles et de toutes espèces. Ce sont des descendants des animaux clonés en laboratoire. D'abord réticent, Ian se décide à rejoindre le docteur quand il apprend que sa fiancée fait partie de l'expédition scientifique. Il ignore qu'une autre expédition qui n'a pas les mêmes buts est également en route.

Huit ans après la débâcle d'Ingen, le célèbre paléontologue Alan Grant peine à trouver les fonds nécessaires pour financer ses recherches sur les dinosaures. Paul Kirby et sa femme Amanda, se disent prêts à financer ses travaux à condition qu'il les accompagne dans leur tournée aérienne au-dessus du nouveau site d'Ingen : Isla Sorna. Grant flaire l'entourloupe lorsque l'avion amorce sa descente sur l'île. C'est au cours d'un accident avec une créature géante qu'il réalise alors que les Kirby sont en fait ici pour retrouver leur fils de 14 ans, Eric disparu depuis quelques jours dans cette jungle peuplée de dinosaures.

Après un terrible traumatisme le jour de son anniversaire, Emma choisit de ne plus le fêter. Mais à l'âge de 21 ans, un de ses amis rompt le rituel avec une fête surprise, ignorant les horreurs qui se réveillent, qui l'attendent depuis des années dans l'obscurité.

La mission de l'agent spécial Neville Flynn est simple : il doit escorter un témoin essentiel sur un avion de lignede Hawaï à Los Angeles. L'homme va permettre de faire tomber l'un des piliers de la mafia, après qui Flynn court depuis longtemps. Toutes les précautions ont été prises, mais ce n'est pas assez...Décidé à ce que le témoin n'arrive jamais au tribunal, le criminel met au point un lâcher de serpents venimeux à bord de l'avion. Ils sont partout, silencieux et mortels. Entre un équipage et des passagers paniqués et un témoin qu'il faut protéger à tout prix, Flynn va devoir se battre pour que l'avion ait une chance d'arriver…