表面上，素（坂本真绫 配音）是一名白发的柔弱少女，但是，她还有着另一重身份——“白花苜蓿计划”的试验品。“白花苜蓿计划”专门挑选出那些能够使用魔法的孩子，囚禁并且研究他们的能力，最终作为兵器使用，工作人员称他们为“三叶草”，在三叶草中，魔法能力出众的孩子被称为“四片叶的三叶草”，而素是其中最优秀的一个，她拥有能够毁灭世界的能力。

孩子们神秘地在孤儿院生病了。最勇敢的孤儿——糖果男孩开始进行调查，但一个新的寄宿生的到来使他的调查日趋复杂。