Marnien tarina sijoittuu Japanin pohjoiselle Hokkaidon saarelle. 12-vuotias Anna on tätinsä talossa asuva ujo orpotyttö. Yhtenä iltana Anna löytää aution rantahuvilan, jonka ikkunassa vilahtaa hahmo. Kun tyttö nimeltä Marnie eräänä yönä hiipii ulos huvilasta, alkaa ainutlaatuinen ystävyys.

Maailman rakastetuin laulaja Uta pitää ensimmäisen live-konsertin kulttimaineeseen nousunsa jälkeen. Elegian musiikkisaaren katsomo täyttyy kaikenlaisista Utan ihailijoista; merirosvoista, seiloreista ja faneista kautta maailman. Kaikki haluavat kuulla ja kokea Utan yliluonnollisen kauniin lauluäänen.