De samoerai Sanjuro reist naar een dorpje in het negentiende-eeuwse Japan. Hier bemerkt hij dat het dorpje verdeeld is tussen twee gangsters. Hij besluit de twee kanten tegen elkaar uit te spelen.
De scholier Hodaka Morishima verlaat zijn huis op een afgelegen eiland en verhuist naar Tokio. Hij heeft geen geld en geen sociale contacten. Hodaka vindt uiteindelijk een baan als schrijver voor een occult tijdschrift. In een hoek van de drukke stad ontmoet hij een jong meisje, genaamd Hina Amano. Zij blijkt geheime bovennatuurlijke krachten te hebben.
Een groep idealistische jonge mannen, wiens baas is ontvoerd omdat deze vastberaden is om de corruptie uit te bannen uit hun stad, ontmoet een knorrige en cynische samoerai die totaal niet voldoet aan het beeld dat zij hebben van een samoerai.
Japan, eind 16de eeuw. Het land beleeft een periode van hevige oorlogen tussen de verschillende feodaliteiten. De machtige Shingen Takeda geldt hierbij als een onoverwinnelijk landheer. Maar dan gebeurt het ondenkbare: Shingen wordt gedood door een kogel.
Yuichi is een 13-jarige scholier die het niet makkelijk heeft. Hij wordt vaak gepest en op school staat hij onder grote druk om te presteren. Het enige wat hem op de been houdt is zijn liefde voor zijn favoriete zangeres Lily Chou-Chou, over wie hij een website runt.
Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.
Een jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel keert Zatoichi terug naar het dorp Iioka om in de tempel te bidden voor de ronin Hirate Miki, die hij heeft vermoord. Maar de handlangers van een hooggeplaatste heer, die Zatoichi eerder had gemasseerd en zijn mentale handicap had ontdekt, zitten hem op de hielen. Om deze gênante onthulling te verdoezelen, huren de samurai Yakuza-baas Kanbei in om Zatoichi voor altijd het zwijgen op te leggen. Tot overmaat van ramp is Zatoichi's eigen broer Yoshiro ook in het dorp, op zoek naar Ichi. Zatoichi heeft ooit zijn eigen broer kreupel gemaakt in een geschil over een vrouw.
Een jonge Amerikaanse vrouw (Brittany Murphy) wordt van de ene dag op de andere in de steek gelaten door haar vriend. Plotseling is Abby alleen en ze dwaalt door Tokyo. Ze verdwaalt in de chaos van die vreemde cultuur en in een poging tot zichzelf te komen gaat ze naar de ramen-shop in haar buurt. Nadat ze de magische effecten heeft gezien die de ramen van de winkel op de klanten heeft, overtuigt Abby zichzelf ervan dat haar ware doel in het leven is om een ramen-kok te worden. Abby haalt de dominante, temperamentvolle Japanse meesterkok van de shop over om haar de kunst te leren van het ramen maken. En hoewel hun verhouding ruzieachtig en tumultueus is, ontdekken ze allebei het allerbelangrijkste ingrediënt van allemaal: dat elke kom ramen een wereld van gevoel moet bevatten en een geschenk moet zijn dat recht uit het hart komt
De ontdekking van het lijk van een jong meisje, gestorven door een illegale abortus, brengt Hanzo op het spoor van een perverse en demonische samenzwering. De top van het Shogunaat lijkt er bij betrokken te zijn, wat drastische gevolgen voor de natie kan hebben.
Wanneer er een geest opduikt bij de wateren rond de schatkamer van het Shogunaat, gaat Hanzo op onderzoek uit en ontdekt dat het een dekmantel is voor het smokkelen van goud. Wederom hangt er een waas van corruptie en samenzweringen om heen.