In het 17e-eeuwse Japan is er een periode van vrede aangebroken. Veel clans raken daardoor ontbonden; samurai raken werkloos. Enkelen van hen dreigen met harakiri, ofwel rituele zelfmoord, in de hoop op een aalmoes.

In het Japan van de zestiende eeuw willen twee lijfeigenen rijk worden. De ene, Genjurô, wil als pottenbakker zijn waren gaan verkopen, terwijl de andere, Tôbei, liever samurai wordt.

In een klein dorpje ten Noorden van Tokio woont de familie Haruno. Moeder Yoshiko probeert haar oude baan als cartoon-animator weer op te pikken door handgetekende filmpjes aan de eettafel te fabriceren.

Ushimatsu Segawa, een leraar, verbergt zijn achtergrond als hisabetsu-buraku (een lage sociale klasse in het oude Japan) uit angst voor discriminatie, maar wanneer hij het werk leest van een dichter die mede-burakumin is, veranderd zijn visie.

Een rondtrekkende samoerai is, samen met zijn vrouw, op zoek naar een nieuwe krijgsheer. Hij heeft door zijn persoonlijkheid al geruime tijd niet ergens langdurig kunnen werken. Hij lijkt nu een krijgsheer te vinden waar dit wel mogelijk kan zijn.

Als het lichaam van zijn vader uit zijn graf gestolen wordt, voelt Afro Samurai zich verplicht om het zwaard weer op te pakken. Hij wil wraak nemen op een horde dodelijke vijanden die aangevoerd worden door een slimme en sadistische leider.

Twee shinobi-clans, Koga en Iga, leven totaal geïsoleerd ten opzichte van de rest van de wereld. Hoewel er geen contact is met de buitenwereld, hebben ze zichzelf zeer goed ontwikkeld. Omdat er nu vrede heerst is de shogun niet zo blij met de shinobi. en probeert hij ze tegen elkaar uit te spelen. Dat is niet zo moeilijk, omdat er tussen de twee shinobi-clans toch al veel wantrouwen bestaat. Om de situatie extra lastig te maken zijn Gennosuke van Koga en Oboro van Iga nog verliefd op elkaar geworden ook...

Gesitueerd tijdens de "Genpai oorlogen" aan het eind van de 12e eeuw, houden de Minamoto en Taira bendes een bloederige confrontatie in het stadje Yuda, terwijl een dodelijke revolverheld het volk beschermt.

Een groep van drie Yakuza's heeft hun baas voor de laatste keer teleurgesteld. Nadat ze een belangrijke baan hebben verknald, geeft hun baas hen twee opties: óf ze plegen eervolle zelfmoord, óf ze gaan naar Thailand om een ​​geslachtsaanpassende operatie te ondergaan en vrouwelijke idolen te worden! De drie beslissen uiteindelijk over het laatste. Nadat ze een jaar lang hun leven hebben gewijd aan het trainen van idolen, volgt hun eerste publieke optreden. En geheel onverwacht genieten de drie idolen een grote populariteit, tot hun eigen schrik uiteraard. En dat is nog maar het begin van de hele tragedie!

De inwoners van het stadje Hadleyville worden met bankroet geconfronteerd, wanneer de plaatselijke autofabriek, na 35 jaar, gesloten wordt. Alleen U-Haul Rental, de verhuurmaatschappij doet gouden zaken nu iedereen de stad verlaat. Hunt, de vroegere voorman van de fabriek, wil niet bij de pakken blijven zitten en heeft een plan. Hij reist naar Japan en onderhandelt met de firma Assan Motors, om het bedrijf over te nemen, en zo de stad opnieuw te laten floreren. Zijn plan werkt en Hunt wordt de held van de stad. Maar nog Hadleyville, noch Assan Motors, hebben de cultuurschok ingecalculeerd.

Deze film speelt zich af in de late dertiende eeuw en toont de verdediging van Zuid -Japan onder leiding van de Kono -clan tegen de Mongoolse invasie in 1281.