Ripleyn kertomukseen hirviöstä ja Nostromo-aluksen miehistön kohtalosta suhtaudutaan epäillen. Kun planeetta LV-426:n asukkaat häviävät oudoissa olosuhteissa, hänet kuitenkin nimitetään johtamaan ryhmää, joka lähetetään tutkimaan asiaa. Uusi painajainen alkaa...

Isänsä avaruustaistossa menettänyt kapinallinen James T. Kirk ja vulcanilainen loogikko Spock ovat molemmat kadetteja tyrkyllä kunniakkaan U.S.S. Enterprise -aluksen miehistöön. Eriluonteiset nuorukaiset eivät tule toimeen keskenään, vaan parivaljakko sortuu pian katkeraan kilpaan aluksen johtajuudesta.Erimielisyydet on syytä laittaa sivuun, kun romulanien vihollislaiva lähestyy pahaa aavistamatonta Enterprisea mustan aukon uumenista. Kapteeni Neron kostoretki uhkaa koko nuorta miehistöä – ja aivan erityisesti viileän viisasta Spockia.

Elokuvan tapahtumat sijoittuvat viisi vuotta Tähtienvälisen Allianssin perustamisen jälkeiseen aikaan eli neljä vuotta varsinaisen sarjan jälkeen. Michael Garibaldi (Jerry Doyle) on nykyään Edgar Industriesin johtaja ja yritys on saanut tehtäväksi rakentaa ensimmäistä kertaa Maan, Minbarien ja Vorlonien teknologiaa yhdistäviä avaruusaluksia Allianssin käyttöön. Garibaldi on tarkastamassa Excalibur -aluksen valmistumista Allianssin presidentti John Sheridanin (Bruce Boxleitner) kanssa kun teknomaagi Galen ottaa häneen yhteyttä ja varoittaa Maata mahdollisesti kohtaavasta tuhosta ja vain Sheridan pystyy estämään tapahtuman.

Astronautti James Washington löytää toisen maailmansodan jälkeen Kuun pimeälle puolelle paenneiden natsien tukikohdan. Kaksi natsia, Renate Richter ja Klaus Adler lähtevät vangiksi ottamansa Washingtonin kanssa maapallolle valmistelemaan hyökkäystä. Konfliktiin sekaantuu myös Yhdysvaltojen presidentti ja hänen vaalikampanjansa johtaja.

50 vuoden kuluttua siitä, kun viimeisetkin critterit on kukistettu Maassa, avaruusalus löytää kapselin, joka sisältää critter-munia. Ymmärtämättä, mitä he ovat poimineet kyytiin, aluksen miehistö päästää ihmislihaa himoavat otukset kuoriutumaan.