Cidade de Deus é uma favela que surgiu nos anos 60, tornando-se um dos lugares mais perigosos do Rio de Janeiro, no começo dos anos 80. Para contar a história deste lugar, o filme narra a vida de diversas personagens, todas apresentadas do ponto de vista do narrador, Buscapé. Buscapé é um menino pobre, negro, muito sensível e bastante amedrontado com a idéia de vir a transformar-se num bandido; mas também, suficientemente inteligente para resignar-se a fazer trabalhos muito duros. Buscapé cresceu num ambiente bastante violento. Apesar de "o mundo estar contra ele", descobre que pode ver a vida com outros olhos, os de um artista. Acidentalmente, torna-se fotógrafo profissional, e liberta-se.

Em 1987, após o fim da lei marcial em Taiwan, Jia-han e Birdy se apaixonam e são alvo de homofobia, pressão familiar e estigma social.

Norte da Suécia, década de 60. Matti e Niila são dois meninos que vivem em Pajala, uma vila da cidade de Vitulla, situada junto à fronteira com a Finlândia. Numa comunidade puritana, convivendo com pais abusivos e inimigos da escola, morar em Pajala não é nada agradável. Ainda na infância, os meninos conhecem o rock ouvindo um disco dos Beatles e ficam fascinados. Com a chegada da adolescência, Matti, Niila e outros amigos sonham em se tornar estrelas do rock para finalmente conhecer o mundo, mas a dura realidade e o ambiente conservador do povoado criarão conflitos de difícil solução.

Na remota ilha de Southern Cross, uma organização secreta chamada The Glittering Crux planeja reativar roupas móveis gigantes que foram lacradas por séculos. Conhecidos como cybodies, eles só podem ser controlados por pilotos identificados como pilotos-estrela. Para liberar todo o seu poder, o misterioso grupo deve quebrar os selos das quatro donzelas do santuário que residem na ilha. O estrangeiro recém-chegado Takuto Tsunashi promete parar o Crux Brilhante, a fim de proteger Wako Agemaki, garota que salvou sua vida e é uma das quatro donzelas. O casal melancólico se torna um trio radiante, pois Takuto se torna não apenas seu amigo, mas protetor dos selos, já que ele não é outro senão o Galactic Pretty Boy, o talentoso motorista estrela de Tauburn, o 22.º cybody.