Tuhansien vuosien ajan elämä on ollut samanlaista Xille ja hänen busmanneilleen. Eräänä päivänä taivaalta tippuu tyhjä Coca Cola -pullo, ja tämä "taivaanlahja" kääntää heidän elämänsä päälaelleen.
Salaperäinen, mustiin pukeutunut pyssymies El Topo ratsastaa poikansa kanssa autiomaassa. Heidän päämääränsä ei ole itsestään selvä eikä heidän kohtalonsa ennalta määrätty. He saapuvat pieneen kylään, jonka asukkaat ryöstäjät ovat tappaneet. El Topo päättää kostaa, ja lisää verta virtaa. Mutta tämä on vasta ensimmäinen julmista tapahtumista heidän matkallaan.
Suosiostaan ja rakastavasta tyttöystävästään huolimatta paikallis-TV:n toimittaja Bruce Nolan pitää maailmaa epäoikeudenmukaisena. Räpellettyään läpi tähänastisen elämänsä pahimman päivän Bruce purkaa raivoaan Jumalalle syyttäen tätä epäonnestaan ja Universumin heikosta hoidosta. Luoja vastaa parjaukseen... ja luovuttaa mahtivoimansa Brucelle nähdäkseen josko hommat sujuisivat tältä paremmin!
Jumala ottaa yhteyttä kansanedustaja Evan Baxteriin ja käskee häntä rakentamaan arkin valmistautuakseen suureen tulvaan.