Kümme aastat tagasi hävitas Sarah Connor esimese terminaatori. Nüüd saabub teine, samasugune tapamasin. Kuid seekordse versiooni ülesandeks on peatada veelgi surmavam terminaator T-1000 , kes on saadetud tapma nüüdseks teismeliseikka jõudnud tulevast inimeste vastupanuliikumise juhti, John Connorit. Sarah, John ja Terminaator lähevad peatama teadlast, kes tegeleb Skynet süsteemi ja selle allüksuste arendamisega.

Jurassic Pargi laastamisest on möödunud neli aastat ja dr Malcolm avastab, et midagi on ellu jäänud. Costa Rica saarel, mis kuulub Costa de las Cinco Muertes'ile, elavad ja arenevad dinosaurused vabaduses. See on niinimetatud B-tsoon: koht, mis toimis geenilaborina. Pärast seda, kui John Hammond juhtis ettevõtte pankrotti, on tema õepoeg Peter üle võtnud ja on ohtliku piirkonna ekspluateerimisega valmis ettevõtte üles võtma.

Möödus kümme aastat sellest, kui John Connor - Nick Stahl - päästis inimkonna hävingust. Täna on John 25-aastane ja elab peidus: tema olemasolust pole dokumentaalseid tõendeid. Nii väldib ta Skynet'i - keeruka masinakorporatsiooni, kes kunagi oma elu lõpetada üritas, jälitamist. Kuid nüüd, tulevikust, on talle saadetud T-X (Kristanna Loken), Skyneti kõige arenenum küborgi tapmismasin. Selle missioon on viia lõpule töö, mida eelkäija T-1000 ei suutnud lõpule viia. T-X on nii halastamatu masin, kui see on oma inimlikust aspektist ilus. Nüüd on Connnori ainus ellujäämislootus Terminaator.

Arheoloogid leiavad Antarktika jääkilbi alt salajase templi, mis esmapilgul tundub olevat Asteekide kätetöö. Asja lähemalt uurides leiavad teadlased, et tegemist on mitme eri kultuuri põimumisega - kuid nähtu on midagi enneolematut. Varsti leiavadki ekspeditsioonis osalenud end kahe sõdiva liigi vahel.