Fahrenheit 9/11 handelt over de vermeende relatie tussen de families van George Bush enerzijds, en de families van Osama bin Laden anderzijds. De film start kort na de controversiële verkiezingsuitslag van november 2000.

Moore gaat op pad naar het plaatsje Flint in Michigan. Het stadje leefde volledig van de daar aanwezige General Motors fabriek, maar het concern besloot die lokatie te sluiten. Op scherpe wijze onderzoekt Moore hoe de lokale bevolking omgaat met het genomen besluit en hij tracht een gesprek te krijgen met de CEO van General Motors, Roger Smith.

De mensheid leeft op een tijdbom. Als de grote meerderheid van de wetenschappers gelijk heeft, rest ons slechts tien jaar om te voorkomen dat de aarde in de ban komt van een golf aan extreme weersomstandigheden met overstromingen, droogte, epidemieën en dodelijke hittegolven. Een catastrofe die we zelf veroorzaken.