第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

１８１４年。港町マルセイユに住む航海士のエドモンは伯爵の子息フェルナンと幼馴染み。貧しいエドモンには裕福なフェルナンも羨む魅力的な婚約者メルセデスがいた。エドモンはやがて船長になり、晴れて結婚式を挙げることになった。しかしその矢先、エドモンは何者かの陰謀で罪人として牢獄に幽閉されてしまうのだった。やがて獄中でファリア司祭と出会い、彼のおかげで脱獄に成功したうえ巨額の財産を手にしたエドモンはモンテ・クリスト伯として社交界に華々しくデビューするのだった。この時、エドモンの真の目的に気づく者は誰一人居なかった。

鳳学園に転校してきた男装の美少女・ウテナ。かつての恋人である冬芽と再会した彼女は、そこで彼と同じ薔薇の刻印のついた指輪を手にする。その指輪を持つ者は、"薔薇の花嫁"と呼ばれる美少女・アンシーを賭けて、決闘ゲームに参加しなくてはならない。そして、そのゲームに勝利すれば、彼女とエンゲージし"永遠があるという城"へ行くことが許されるのだ。女性であるウテナは巻き込まれるようにゲームに参加するも、生徒会副会長の西園寺、フェンシング部キャプテンの樹璃と対決し、次々と勝利を収めていく。こうしてアンシーとエンゲージすることになったウテナは、彼女を"外の世界"へ連れ出そうとする。だが、巨大な洗車ブラシに取り込まれ、自動車にされてしまうウテナ。アンシーはそんなウテナ・カーに乗り込むと、追手を振りきり閉ざされた世界からの脱出に成功するのだった。

IMFエージェント、イーサン・ハントに課せられた究極のミッション—全人類を脅かす新兵器が悪の手に渡る前に見つけ出すこと。しかし、IMF所属前のイーサンの“逃れられない過去”を知る“ある男”が迫るなか、世界各地でイーサンたちは命を懸けた攻防を繰り広げる。やがて、今回のミッションはどんな犠牲を払っても絶対に達成させなければならないことを知る。その時、守るのは、ミッションか、それとも仲間か。イーサンに、史上最大の決断が迫る—

前作OVAより約1年後に発売された、劇場用作品並の長尺で制作された完全新作。実際に映画公開も予定されていたが、最終的にはOVAとして発売されている。 　ムゲ帝王との戦いを経て、獣戦機隊の面々にもとりあえずの日常が戻っていた。それぞれが自身の問題と向き合い悩む中、謎の組織バンディッツが破壊活動を開始。さらには巨大な敵グザートが出現し、迎撃に向かう忍たち。しかし敵は自爆してしまい、それが新たな戦いの幕を開けることとなった……。 　『マシンロボ』等で人気のアニメーター・はばらのぶよしの作画センスを堪能できる一編だ。主人公たちがミュージシャンばりに演奏する終盤のライブシーンは、忍と沙羅のキスシーン同様に話題を呼んだ。

超人的な力を持つ"五行の刺客"であるカイは仲間を殺され、敵を討つためにバンコクへ。だが、カイは世界に迫る危機を知り、恐るべき古代の脅威に立ち向かう。