Totoro on kunnianosoitus luonnonvoimille. Tarina etenee uuteen kotiin ja läheiseen metsään tutustuvien 10- ja 4-vuotiaiden tyttöjen näkökulmasta. Totoro jakaa hyvää mieltä omapäisesti ja mielivaltaisesti. Totoro on kuin säätila, mahdoton ennustaa. Sen mukaan on vain elettävä. Sen viehätysvoimaa ei voi kiertää eikä väistää. Totoro on maailmanlaajuinen ilmiö. Kerrankin elokuva, joka sopii taatusti kaiken ikäisille.

Vuosi 2029 - naiskyborgi ja valtion agentti, majuri Motoko Kusanagi ja Sisäisen Tutkinnan Virasto ovat päässeet mystisen tietokoneviruksen, "Nukkemestarin" jäljille. Erityisen uhkaavan viruksesta tekee se, että se on kykenevä imeytymään ihmiseen ja käyttämään häntä isäntänään! Yhdessä osasto 9:n kollegojen kanssa Motoko aloittaa huipputeknologisen kilpajuoksun aikaa vastaan, tavoitteenaan vangita tämä kaikkialla läsnäoleva entiteetti.

Lahjakkaan nuorukaisen ja salaperäisen tytön polut kohtaavat kuplien ja painovoiman poikkeavuuksien runtelemassa Tokiossa.