汎用ヒト型決戦兵器エヴァンゲリオンに乗ることで、自ら戦うことを選んだ碇シンジ。大きな運命を託された14歳の少年の物語は、ここから未知の領域へ突入する。また、綾波レイと人気を二分するヒロイン、アスカがエヴァンゲリオン2号機に乗って参戦。加えて魅惑の新ヒロインが登場する。そして、謎の生命体“使徒”とEVAシリーズの戦いは新エヴァンゲリオンの参加で、さらに激しくエスカレートしていく。

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。

ロサンゼルス市警のドレビン刑事は、自分が有能なタフガイだと信じるが実はそれほどでもなく、むしろトラブルメーカーになりがちだ。そんなとき、ロサンゼルスを英国のエリザベス女王が来訪する。一方、ドレビンはヘロイン密輸事件を捜査していてある財閥を調べるが、その過程で知り合った美女ジェーンと親密になり、彼女と恋に落ちてしまう。やがてドレビンは、何者かがエリザベス女王の暗殺計画を進行させていると気付く。

Ａ．Ｃ．１９６年、クリスマスイブ。リリーナ・ドーリアンは外交訪問中のＬ－３ Ｘ１８９９９コロニーで拉致され、一人の少女に出会う。少女の名はマリーメイア。 先年死去した世界国家の元首でＯＺ総帥を務めたトレーズ・クシュリナーダを父に持 つという。少女が父の覇権を継ぎ新たなる戦いを宣言したその頃、ヒイロ、デュオは 独自のルートでＸ１８９９９コロニーへの潜入を果たす。が、２人の前に敵となった 五飛とトロワが立ち塞がった！

招待されたホワイトハウスの晩餐会をめちゃくちゃにしてしまったドレビン刑事だが、LAに戻ると、燃料問題の権威であるマインハイマー博士の研究所で爆破事件が発生。それは新しい全米エネルギー政策が発表される直前のタイミングだった。捜査に乗り出したドレビンは、研究所で広報部長をしていた元恋人ジェーンと再会。しかし彼女にはハプスバーグという恋人がいた。実はハプスバーグは事件の黒幕で、次の計画を進めていた。

ドレビン刑事は出会いと別れを繰り返したジェーンとついに結婚し、警察を辞職して専業主夫になる道を選ぶ。だが元同僚のホッケン署長らに、刑事への復職と、刑務所に服役中の爆弾魔ロッコのセクシーな恋人タニヤの身辺捜査を依頼される。ドレビンが復職したら離婚するというジェーンとの約束を破ってしまったため、ジェーンは家出するが、ドレビンはロッコの次なる陰謀を知るべく、ロッコがいる刑務所に受刑者となって潜入するが？

イノベイドの力による支配で地球人類を導こうとしたリボンズ・アルマークとソレスタルビーイング（CB）の死闘は、真のイノベイターへの覚醒を遂げて人間同士の相互理解への道を示した、刹那・F・セイエイの勝利によって幕を閉じた。情報操作によって悪行を隠蔽し続けていた独立治安維持部隊アロウズは解体され、世界は再編成された地球連邦平和維持軍（連邦軍）の下で、ようやく真の平和へ向けて歩み始めたのだった。 それから2年後の西暦2314年。表舞台から姿を消したCBの刹那やロックオン・ストラトス達は戦争の抑止力となるべく、密かに活動を続けていた。しかし、新たな戦争の火種が迫りつつあった。発端は、130年前に廃船となったはずの木星探査船「エウロパ」の地球圏への漂着。エウロパには一切の生体反応が無かったが、地球への突入を防ぐために連邦軍のイノベイターであるデカルト・シャーマン大尉の手で破壊された。しかし、この一件以降、無人の乗り物の暴走、イノベイターへ覚醒しつつある人々への脳量子波の干渉、人体へ寄生する謎の金属生命体の発見などの怪事件が頻発し始めた。 新たな戦いを予期したCBは、謎の金属生命体の調査を開始する。

70年代の人気TVシリーズ「刑事スタスキー&ハッチ」を、ベン・スティラーとオーウェン・ウィルソンのコンビで映画化した痛快ポリスアクションが低価格で登場。性格が正反対のふたりの刑事が謎の殺人事件に挑む。

トップハム・ハット卿が休暇で暫くの間ソドー島を離れる事になり、『シャイニング・タイム駅』の駅員『ミスター・コンダクター』が、局長代理として島へ来ることになった。トーマスたち機関車は彼を歓迎するものの、極悪非道なディーゼル機関車、ディーゼル10も謎の機関車『レディー』を捕まえるべくソドー島に帰って来ていた。そのレディーは、マッフル・マウンテンに住むバーネット・ストーンが洞窟に隠していた。彼は以前、この機関車を守るようコンダクター家に頼まれていたが、数年前、レディーを酷い目に合わせてしまい、それ以来山に閉じ籠ってしまう。ソドー島では、誰もがディーゼルに脅える中、やっとミスターコンダクターがソドー島に到着する。しかし、ソドー島とシャイニング・タイムを行き来するのに必要な『魔法の粉』が底を尽きてしまい、ピンチを迎えてしまう。