Esimene peatükk - Vietnami sõda. Mereväe treeninglaagrisse Parrise saarele Lõuna-Carolinas saabub uus grupp Mereväelasi. Sealseid vägesi juhatav seersant on karmikäeline ning tema ainsaks eesmärgiks on teha hoolealustest armutud tapamasinad. Teine peatükk - Parrise saarel treeninud Mereväerühma liige on töötamas Vietnamis sõjareporterina. Sõja kõige verisema lahingu eelõhtul saadetakse ta riigi pealinna lugu kirjutama. Seal kohtub ta liitlasvägede salkadega, mille liikmete seas on ka tema endisi treeningkaaslasi. Kuid ta satub koos rühmaga tule alla ning on sunnitud siiski sõjast võitlejana osa võtma.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.