核戦争から15年後、荒廃したパリに一軒だけ建つ精肉屋デリカテッセン。その上にあるアパートに、元ピエロの青年ルイゾンが引っ越してくる。そこには、不気味な店主とクセのある住人たちが住んでいた。

近未来の半ば朽ちかけたような港町に子供の失踪事件が続発。実は町に横行する一つ目教団が、沖合に浮かぶ奇妙な実験室に住む天才クローン人間クランク（ダニエル・エミルフォルク）に夢を見させるため、誘拐していたのだ。サーカスの怪力男ワン（ロン・パールマン）の幼い弟ダンレー（ジョゼフ・ルシアン）も誘拐される。ワンは9歳のミエット（ジュディット・ビッテ）率いる孤児の泥棒団に出会う。彼女たちは孤児院を経営するシャム双生児の姉妹の命令下にあり、ワンも腕力を買われて一味に入らされる。ミエットはワンの弟探しに同情して、二人は一つ目教団の本拠に潜入するが捕まり、処刑されることに。

ニューヨーク。人気キャスターのエイプリルは、謎の犯罪組織の正体を探ろうとして逆に襲われてしまう。彼女の危機を救ったのは、人間大のカメ4兄弟、ラファエロ、レオナルド、ミケランジェロ、ドナテロ。薬品ミュータンジェンの力で人間同等の知能と姿を持った彼らは、同じくミュータント化したネズミの師匠スプリンターから忍者として育てられていた。4兄弟“ミュータント・タートルズ”はエイプリルとともに組織に立ち向かう。

地下都市に住む青年リンカーンは最近同じ夢を見続けるのが悩みであり、疑問でもある。彼が住む都市では、安定した暮らしと引き換えに住民はすべてを管理され、抽選で選ばれて地上最後の楽園“アイランド”に引っ越すことが理想とされた。やがてリンカーンは、ひょんなことから“アイランド”の真実を知ってしまう。リンカーンは、好意を抱いた女性ジョーダンが“アイランド”に行くのを阻止し、彼女と都市の外部へ脱出する。

21世紀初頭。全米No.1の巨大複合企業であり、アメリカでの家庭用医薬品シェア90%を誇るアンブレラ社。その裏の姿は、細菌兵器の開発などを行う「死の商人」であった。ある日、ラクーンシティにある秘密地下研究所で、研究中のT-ウイルスが何者かの手によって漏れ出し空調設備を通じて所員全員がT-ウイルスに感染した。ウイルスの漏えいを防ぐため施設の制御コンピュータ「レッド・クイーン」はハイブ内の各通路を封鎖し、500人を超える所員全員を死亡させて汚染を施設内に封じ込めた。この事故を知ったアンブレラ社は、事故の原因はレッド・クイーンの誤作動と判断しレッド・クイーンをシャットダウンするため特殊部隊を現地へ派遣する。

ウイルスの発生から28週後、安全宣言が出されたロンドンでは米軍を主導としたNATO軍の保護下で都市の復興が進んでいた。そして保護地区で暮らし始めたドンのもとにスペインに旅行していた子供達、タミーとアンディが帰ってくる。

アンブレラ社の地下秘密研究所「ハイブ」でのバイオハザード発生から2日後、その真上にあるラクーンシティでは住民達がいつもと変わらぬ日常を送っていた。しかし、ハイブで起きた事件を調査すべく派遣されたアンブレラ社の社員が封鎖された地下入り口を開けると、高濃度のウイルス反応が検知され調査隊は内部から出てきたクリーチャーによって襲われてしまう。その結果、ウイルスによる汚染が街にまで蔓延し人々は次々と感染してゾンビ化、街中で人を襲い始めてアンデッド達が溢れ出し、壊滅状態になった。事件の隠蔽を図るアンブレラ社はラクーンシティを封鎖する。

悪ガキコンビのビルとテッドが今度は地獄めぐりの旅に？いきなり冒頭で死んでしまう二人だが、片足突っ込んだ地獄でも忌み嫌われるのは当然で、案内役の死神もほうほうのていなのだが、いつしか気持ちも通じ、現世に彼らと共に帰ってポップス界に殴り込みをかけ、一躍人気バンドとなってしまう……。

シュレッダーが率いる犯罪組織を倒したが、住居である下水道を失ってしまったミュータント化したカメのチーム“タートルズ”と彼らの師匠のネズミであるスプリンターは、友人になったTVリポーター・エイプリルの家に間借りさせてもらう。そんなエイプリルが化学廃棄物の処理について疑念を抱いた大企業から、シュレッダーたちは廃棄物を盗み出す。やがて“タートルズ”は、新たに生まれた怪物たちなどシュレッダーの一味と戦う。

タヒチ沖で海難事故が続発する一方、パナマの丘陵地帯で巨大な足跡が発見される。調査にあたった生物学者ニックは、これが核実験の影響で誕生した新種の巨大生物ではないかと推測。長雨に曝されていたニューヨークへ突如、その生物－ゴジラ－が現れた。ニックはこの巨大生物がマンハッタンに巣を作ろうとしている事を突き止める。

H・G・ウェルズの古典SFをAIPが設立以来最大の巨費で映画化（「獣人島」のリメイクにもあたる）。アンドリューという青年が、難破した船から奇跡的に孤島にたどり着く。その島は、モローと名乗る科学者の巨大な実験場だった。アンドリューは、人間を獣人に変えるモローの邪悪な実験をまのあたりにするが……。