"دون ویتو کورلیونه"، بزرگ یک "خانواده" مافیایی نیویورکی است. وقتی یک گنگستر تحت حمایت "سولوتزو"، یک خانواده مافیایی دیگر، قصد خود را مبنی بر فروش و پخش موادمخدر در سراسر نیویورک اعلام می‌کند، مشکلات شروع می‌شود. دون ویتو مخالف این کار است و به پولی که از "باج" و قمارخانه‌ها و غیره درمی‌آورد، راضی است. بنابراین به جانش سوءقصد می‌کنند. سپس سولوتزو، یکی از مشاوران دون ویتو را می‌رباید و او را وادار می‌کند تا پسر دون ویتو را به فروش موادمخدر راضی کند. اما هنگامی‌که سولوتزو خبردار می‌شود که دون ویتو هنوز زنده است، نقشه‌هایش به باد می‌رود …

«مایکل کورلئونه» (آل پاچینو) درگیر سرو سامان بخشیدن به امپراتوری ای است که از پدرش، «دون ویتو» (مارلون براندو) به ارث برده است. داستان به طور موازی زندگی «مایکل کورلئونه» قبل از انقلاب کوبا و زندگی «ویتو کورلئونه?» جوان، مهاجرت او از سیسیل به آمریکا و چگونگی رسیدن او به قدرت را نشان می‌دهد و اینکه مایکل چگونه در دادگاه به دفاع از خود در مقابل اتهامات می پردازد…

پدرخوانده با از دست دادن برادرش در جریان فعالیتهای تبهکارانه ی خانواده و مبارزه با دیگر خانواده‌ها و همچنین جداشدن همسرش تصمیم گرفته است تا فعالیتهای خانواده را کاملا قانونی کند. بدین منظور قصد دارد تا شرکتی که درآمد اصلی کلیسای واتیکان را تامین می‌کند خریداری نموده و مدیریتش را به دختر و پسرش واگذار کند. اما این معامله ایست پر سود و سران خانواده‌های مافیایی نیز خواهان شریک شدن در آن هستند. از طرفی در کلیسا نیز دستهایی پنهان در تلاش است تا جلو انعقاد این قرارداد را بگیرد. پدرخوانده نیز برای شریک نکردن سران مافیا تاوان سنگینی را خواهد پرداخت.

خلافكارى به نام » دیو كانوى « ( فورد ) هر روز یك سیب از » آنى « ( دیویس )، پیرزن فروشنده ‏ى دورگرد و دائم ‏الخمر مى‏ خرد، چون تصور مى ‏كند كه با این كار خودش را از گزند مافیا در امان نگه مى‏ دارد. تا این كه دختر » آنى « ( آن مارگرت )، با این تصور كه مادرش خانمى ثروتمند است، مى‏ خواهد به دیدنش بیاید. حالا » دیو « و عده‏ ى بسیارى دست به دست هم مى ‏دهند تا از » آنى « یك » خانم « بسازند.

پس از قتل یک مرد جوان ، روح وی پشت سر می ماند تا با کمک یک فال بین ، عاشق خود را از خطر قریب الوقوع نجات دهد.

فیلم در نیویورک و در سال ۱۹۳۳ هم‌زمان با رکود بزرگ آغاز می‌شود.ان دارو بازیگر جوانی است که به تازگی کارش را از دست داده‌است.کارگردانی به او پیشنهاد بازی در فیلمی را می‌دهد.آن‌ها می‌خواهند فیلم را در جزیره‌ای بسازند که تا به حال کسی آن جا را ندیده است. وقتی وارد جزیره می شوند متوجه می شوند که …