La nostra storia è ambientata negli anni '60, in un Giappone post-bellico alternativo in cui il governo è presieduto dalla Germania, qui vittoriosa trionfatrice della seconda guerra mondiale e detentrice del potere assoluto. Il controllo del paese è ripartito tra tre forze principali: la polizia pubblica, il reparto speciale DIME e un gruppo di terroristi ribelli conosciuti come “La Setta”. In questo scenario di grave agitazione politica (il lungometraggio si apre proprio durante una sommossa popolare contro la polizia pubblica) si intrecciano le storie di Kazuki Fuse, membro dello squadrone d'assalto della DIME, e di Kei, una giovane facente parte del gruppo delle “Cappuccetto Rosso”, ossia donne e bambine incaricate dai ribelli di trasportare ordigni esplosivi. Fuse (il cui nome è ricollegabile alla parola "cane") è un abilissimo membro della squadra d'assalto, e tuttavia anche una persona emotivamente fragile...
Identificato come l'istigatore di Garma, Char viene congedato da Dozle Zabi e inviato per qualche tempo sulla Terra, a Manaus. Qui incontra Lalah Sune, una giovane ragazza in possesso di strani poteri psichici, e la salva dai suoi sfruttatori, portandola infine al sicuro nello spazio con sé quando viene richiamato in servizio. Nel frattempo il dottor Minovsky decide di tradire Zeon per passare alla Federazione, ma l'incontro sulla Luna tra lo scienziato e il ricercatore di punta della Federazione, Tem Ray, è sabotato dai mobile suit di Zeon, che annientano i Guncannon federali e uccidono Minovsky. Tra i piloti di mobile suit figura, tra gli altri, Char. Dopo aver osservato la potenza dei nuovi robot nemici, Tem mette a punto il prototipo di mobile suit denominato "Gundam", i cui progetti vengono trovati dal figlio Amuro nel suo laboratorio sulla colonia di Side 7. Il 3 gennaio 0079, infine, il rinominato Principato di Zeon, dichiara guerra alla Federazione.
L'incapacità di un timido adolescente di dire di no è messa alla prova quando una tenace ragazza lo porta in un viaggio mistico tra la neve estiva per trovare la madre scomparsa.
Uta: la cantante più amata al mondo. La sua voce, con cui canta nascondendo la sua vera identità, è stata descritta come "ultraterrena". Apparirà in pubblico per la prima volta in un concerto dal vivo. I fan di Uta, insieme a pirati eccitati, alla Marina che osserva da vicino e alla Ciurma di Cappello di Paglia che è semplicemente venuta per godersi la sua performance, si riuniscono per ascoltare la voce che il mondo intero stava aspettando. La storia inizia con il fatto scioccante che lei è la "figlia di Shanks". Uta sale sul palco, con il solito desiderio di "Rendere felice il mondo con la mia musica". C'è Gordon, un personaggio misterioso che conosce il passato di Uta e intravede l'ombra di Shanks. Su Elegia, l'isola della musica, Luffy e Uta si riuniscono per la prima volta dall'ultima volta che si sono incontrati 12 anni fa nel Villaggio di Foosha.
Due anni dopo aver sconfitto Sephiroth, Cloud si ritrova nuovamente solo, a rimurginare sul passato chiedendosi se ha agito nel mondo migliore. Il mondo è tornato alla normalità, ma una forte epidemia si sta espandendo su tutto il territorio...
Ikoma e la Fortezza di Ferro si spostano sul campo di battaglia di Unato, unendosi all'alleanza per rivendicare la regione dall'orda dei kabane.
La storia sarà divisa in due parti, una incentrata su Yūsuke Makishima e l'altra su Jinpachi Tōdō. La storia di Makishima spiegherà come è entrato a far parte del club di ciclismo della Sōhoku al primo anno delle superiori, e come è stato deriso dai suoi compagni di scuola più anziani per il suo strano stile nel pedalare la bici. La storia di Tōdō rivelerà come è entrato a far parte della squadra di ciclismo nel secondo anno delle medie, quando un amico l'aveva sfidato a una gara, ma aveva inizialmente rifiutato perché non voleva rovinarsi la sua pettinatura a causa dell'elmetto.
Dopo un incidente aereo durante una gita scolastica, Oribe Mutsumi e i suoi compagni di classe sono rimasti bloccati su un'isola apparentemente deserta. Mutsumi ha trovato gli altri sopravvissuti e ha usato la sua conoscenza della natura selvaggia per aiutarli. Si aspetta che verranno salvati in circa tre giorni, il che non sembra durare così a lungo. Tuttavia, non ha tenuto conto del fatto che l'isola è popolata da giganteschi insetti assassini. La sua conoscenza di farfalle, vespe e altro potrebbe essere l'unica cosa che aiuterà i suoi compagni di classe a sopravvivere per essere salvati!