Gdy 17 letnia Makoto Konno zyskuje umiejętność cofania się w czasie, szybko postanawia wykorzystać ją do własnych celów. Ma w końcu jedyną szansę skorygować różne swoje niepowodzenia, poprawić szkolne oceny i śpiewać do woli w salonie karaoke. W końcu jednak przekonuje się, że zmiana przeszłości nie jest taka prosta a jej szczęście może powodować tragedie innych ludzi. Będzie musiała się bardzo postarać gdyż niektóre sprawy bardzo trudno odkręcić.

Akcja filmu rozgrywa się w epoce Sengoku na terenie dawnej Japonii. Tajemnicza chińska organizacja ściga młodego chłopca który ma być składnikiem eliksiru wiecznej młodości dla podstarzałego cesarza. Uciekinier przypadkowo na swojej drodze napotyka bezimiennego samuraja, który ratuje mu życie odpierając niespodziewany atak wrogich siepaczy. Nanashi (bezimienny) za namową chłopca, zgadza się pracować jako jego ochroniarz. Początkowe relacje między głównymi bohaterami nie zapowiadają wielkiej znajomości, jednak samuraj okazuje się być dobrym towarzyszem podróży i prawdziwym przyjacielem, na którego zawsze można liczyć. Życie uciekiniera to nie sielanka, przeciwnicy okazują się silniejsi niż można się spodziewać. Luo-Lang znany nam jako Rarou, poszukując godnego siebie przeciwnika dąży do pojedynku z Nanashi. Jaki będzie wynik tej śmiertelnej walki? Bezimienny będzie zdolny chronić chłopca? Czy może polegnie i szalone aspiracje cesarza zostaną osiągnięte?

Takeo ma 27 lat. Pracuje jako urzędniczka w jednej z dużych tokijskich firm. Jest samodzielna, ma poukładane życie, jednak nie czerpie z niego żadnej satysfakcji. Próbując powstrzymać narastającą frustrację i nudę, bierze urlop i wyjeżdża na wieś w odwiedziny do swojego kuzyna. Tam, pracując w polu i wypoczywając, powraca myślami do zapomnianego świata swojego dzieciństwa. Pierwsze dziecięce porywy serca, dojrzewanie, nieporozumienia w domu, kłopoty z matematyką i chłopcami... Te liryczne wspomnienia stają się dla Takeo kluczem do odnalezienia właściwej drogi życiowej.

Rok 2029. Cyberagentka i Wewnętrzne Biuro Śledcze są na tropie „Władcy Marionetek” – wirusa komputerowego zdolnego do atakowania mózgów i zmieniania pamięci ofiar.

Tanuki, czyli Jenoty według japońskich legend potrafią zmieniać kształt swojego ciała, również na ludzki. Właśnie pod postacią ludzi często płatają przeróżne figle. Tanuki (z tej anime) mieszkają obok rządowego projektu, który może zniszczyć ich naturalne siedlisko. Poszukując pomocy od innych plemion, postanawiają wykorzystać swoje niezwykłe zdolności zmiany wyglądu i zrobić sabotaż tej konstrukcji...

Akcja filmu wybiega jakieś 300 lat w przyszłość od czasów dzisiejszych. W wyniku genetycznych eksperymentów Ziemia uległa drastycznym przemianom, świat opanowały drzewa, a gatunek ludzki funkcjonuje na uboczu. Pewnego dnia Agito spotyka Toolę - dziewczynę z przeszłości, która ma zadanie odbudować cywlizację.

W powoli jednoczącym się po wielkiej wojnie świecie, trójka strażników pokoju (znana z poprzedniej części wojowniczka i jej kompan cyborg oraz ich nowy towarzysz w postaci zmodyfikowanego klona z DNA cyborga) stawia czoła zbrodniczemu planowi szaleńca, wierzącego w uratowanie ludzkości poprzez całkowite wyeliminowanie indywidualizmu jednostki.