Ο Μάρτι ΜακΦλάι μόλις επέστρεψε από το παρελθόν κι ο Δρ Έμετ Μπράουν αναγκάζεται να τον στείλει στο μέλλον. Σκοπός του είναι να αποτρέψει τον μελλοντικό του γιο από τα μπει φυλακή. Έτσι, αυτός, ο δόκτορας και η Τζένιφερ ταξιδεύουν στο 2015 όπου τα πράγματα είναι τελείως διαφορετικά από το 1985.

Ένας νεαρός άντρας διασώζεται από ψαράδες της Μασσαλίας, έχοντας χάσει τη μνήμη του. Οι έρευνές του για να ανακαλύψει την πραγματική του ταυτότητα τον οδηγούν στη Ζυρίχη και στη συνέχεια στο Παρίσι. Στο κατόπι του είναι η CIA, που γνωρίζει ότι είναι πράκτορας της, εντεταλμένος να επιτελέσει μια πολιτική δολοφονία.

Ο Bourne το μόνο που θέλει είναι να εξαφανιστεί, βρίσκεται όμως κυνηγημένος από τους ανθρώπους που τον δημιούργησαν. Έχοντας χάσει τη μνήμη του κι έχοντας να αντιμετωπίσει μία νέα γενιά εκπαιδευμένων δολοφόνων, έχει μία μόνο επιλογή, να ψάξει ο ίδιος και να μάθει το άγνωστο παρελθόν του.

Υποφέροντας από αμνησία, ο Μπορν έχει εγκαταλείψει το βίαιο παρελθόν του και ζει μια ήρεμη ζωή με την κοπέλα του, Μαρί. Τα σχέδιά του για μια ήρεμη ζωή ματαιώνονται όταν γλιτώνει παρά τρίχα από μια απόπειρα δολοφονίας. Τώρα, κυνηγημένος από έναν άγνωστο εχθρό, ο Μπορν αποδεικνύει ότι δεν είναι ούτε εύκολος στόχος, ούτε ένα άτομο του οποίου η ικανότητα, η αποφασιστικότητα και η ελαστικότητα μπορούν να υποτιμηθούν.

Μια μυστήρια εξωγήινη δύναμη απειλεί τη Γη εξατμίζοντας το νερό των θαλασσών και καταστρέφοντας την ατμόσφαιρα. Για να σώσουν την ανθρωπότητα ο Κάπτεν Κερκ και το πλήρωμα πρέπει να γυρίσουν πίσω στη γη του 1986 για να βρουν το μόνο πλάσμα που μπορεί να σταματήσει το κακό…