Dapper Jack bandita volt életében, most pedig szellemként riogatja egy farm vendégeit. Scooby-Doo-nak és a Rejtély Rt.-nek lesz a feladata, hogy elkapja ezt a bosszantó gazembert.

Ash, és barátai a Johto vidék egy újabb részének, a felfedezésére készülnek, ám lekésik a buszt, így az ott élő Pokémon kutató lányhoz, Lunához fordulnak segítségért. Mewtwo és a többi klón Pokémon egy eldugott fennsíkon élnek magányosan és számkivetten, de békében, távol az emberektől. Giovanni, Mewtwo alkotója, és legnagyobb ellensége, az egyetlen ember akinek memóriájából nem törlődött ki Mew és a klón Mewtwo csatájának emléke, nem nyugszik, amíg vissza nem szerzi szuperklónját. Emberei és a Rakéta Csapat tagjai felfedik a klónok rejtekhelyét…

Az erdőben játszódó történet főszereplői kisállatok, akiknek élete nem gondtalan, nagy kalandoknak néznek elébe, hogy egyik kis társukat megmentsék. Összefogás és szeretet.

Butler, a híres művész elrabolja Jirachit, azt a csodálatos teremtményt, amely csillagdarabként él egy érintetlen helyen. Ash és Max az egyik előadáson felfedezik Jirachit, és felébresztik, Butler gonosz tervét azonban már nem tudják megakadályozni. A művész Jirachi energiájával feltámaszt egy hibás Groudont, egy szörnyeteget, ami mindent magába nyel, bármi is kerül az útjába.